芹澤教授他們本來是不打算繼續潛游喚醒哥斯拉的，但是架不住某位神明好像對其他地方的災難無動于衷，于是他們只好重新執行危險的計劃。
另一邊，腦殘的拉塞爾女博士正在和她的合作者爭吵，兩人打算喚醒整個地球所有的泰坦巨獸，讓地球重新恢復自然生態，結果運氣很不錯，第一次就喚醒了怪獸之王王者基多拉，第二次就是拉頓。
然后計劃失控，王者基多拉喚醒了全世界的怪獸，現在的局面就是全線崩盤，整個地球都陷入了災難。
“泰坦巨獸計劃是錯誤的，神明……”
兩人自然也都看到了大漢朝那一位“神”斬殺了一頭泰坦巨獸的場景，只不過對方斬殺了一頭泰坦巨獸之后，沒有像其他人推測的那樣，去找其他泰坦巨獸的麻煩，而是待在大漢朝就不動了。
“為什么會有神明？”
“泰坦巨獸不就是神明嗎，那有神話故事的神明出現有什么奇怪的？”
“不，泰坦巨獸才是真正的神明，神話故事的神明不應該存在才對。”
將軍無法理解拉塞爾女博士的腦回路，明明都是神話傳說，為什么泰坦巨獸的神話傳說就是真的，泰坦巨獸就是神明，而他們人類的神話傳說里面的神明出現卻是假的。
將軍放棄治療，對現在的局面很滿意，超前完成了任務，但是對于拉塞爾博士來說就不行，她覺得必須要按部就班的釋放泰坦巨獸才行，現在一下子全部釋放了出來，太危險了，必須要阻止！
只能說不是很理解她的腦回路，也還好理解不了，不然豈不是也變成像她一樣的腦殘了？
帶著奧卡儀器的拉塞爾博士逃出了基地，將軍不想讓她破壞現在的局面，奈何禍害遺千年，平日里百發百中的槍法現在卻一槍都沒打中，愣是被一個手無縛雞之力的科研人員從槍林彈雨之中逃了出去。
感覺受到侮辱的將軍二話不說就開著裝甲車進行追擊，正好這時候拉塞爾博士的前夫來找失蹤的女兒，見到這樣的場景，也顧不得自己前妻腦殘了，救女兒要緊，趕緊讓她們上車躲避將軍的襲擊。
另一邊，芹澤教授他們成功抵達地下世界，不是后面靚仔的那個地下世界，而是要往上一層，順便說一下，哥斯拉世界的地球是中空的，也就是沒有地心，四通八達的通道是哥斯拉快速來往全球各地的原因。
再深入的話，就得通過一段類似于空間隧道的通道，才能進入真正的地心世界，不過哥斯拉后面一發原子吐息/放射熱線
直接打穿到地心世界，可以看出根本不需要那么冒險的通過空間隧道。
芹澤教授一行人抵達這里已經很艱難了，芹澤教授讓其他人回去，作為活不長久的最狂熱的哥斯拉粉，他決定要犧牲在這里，讓哥斯拉拯救人類。
隨后他拎著核彈找到了奄奄一息的哥斯拉，吃了一發氧氣破壞者的哥斯拉到現在都沒有恢復過來，繼續這樣下去的話，等王者基多拉改變了全球氣候，讓全世界變成了以王者基多拉為首的生態體系，那全人類都會滅亡的。
哥斯拉奄奄一息之際，看到了有一個人類走到自己旁邊，它嗅了嗅，記住了這個人類的氣味，接著芹澤教授就引爆了核彈。
伴隨著屁用都沒有的號稱好幾億攝氏度的核爆絕對毀滅領域消失，哥斯拉吃了一發大的，有點吃不消，急需發泄出來，剛好它感受到了王者基多拉，于是就前往了王者基多拉所在的地方。
另一邊，王者基多拉卻沒有在波士頓繼續停留，它感覺到了路西法的存在，于是就飛了過去。
“王者基多拉離開了波士頓！”