在清除了黃粉蟲養殖場這個最大的已知傳染源后，新楊城里的疫情蔓延也似乎終于被抑制了。
當然，這可能也和巢執行了一系列更嚴格的措施有關。
如今，患病者一旦發現，不分階層，一律被丟進死亡率奇高的隔離區內自生自滅，措施干脆的近乎殘忍。
而在發現養殖場的濕度很高，似乎這種真菌尤其喜歡高濕度環境后，主角又讓在各個巢室都不定期生火烘烤，以降低環境濕度。
因為這些巢室的容積、通風條件等不適合點燃大火堆，只能點起大一些的火把。而這些火把必須含有油脂才能耐燃，純木材或干草的火把就像劃著的火柴一樣一著就沒。為此，又耗盡了巢儲備的油脂。
主角甚至還計劃過改建燃燒室的煙道，讓其能夠覆蓋更大空間，利用燃燒廢氣的熱量自動烘干巢穴。但這項工程工作量太大，為防疫已經抽調太多蟻力資源，實在抽不出蟻手開工，只能作罷。而在疫情結束后，這項工程終于啟動，以一勞永逸的解決巢穴的潮濕問題。
而隨著近期洪水稍稍退去，雖然還在洪水季，但河流已經安然過了最大的洪峰，地下水的水位也隨之下降，巢穴里的潮濕度的降低，也有一部分自然的因素。
多重因素下，新楊城內的濕度終于顯著下降。而多管齊下之下，發病者數量也逐步控制在了一天兩位數，雖然沒有杜絕傳染，但能察覺到疫情的勢頭在消減。
現在讓主角頭大又心疼的，是如何救治隔離區里的那些螞蟻，里面如今已經有大量螞蟻，其中不乏螽豹這樣的軍團長，也不乏大量跟隨主角南征北戰的老兵，都是極其珍貴的蟻才。
在隔離區里，主角除了供應食水，幾乎什么也做不了，只能任由里面的螞蟻自生自滅。
而感染的螞蟻死亡率又極高，每天都有數以百計的螞蟻死去，其他螞蟻只能將尸體堆積在隔離區一角掩埋住，當一間巢室被尸體堆滿后，就徹底掩埋起來，再開掘一處新的巢室來停尸。
主角曾經在發現黃粉蟲養殖場隔壁的蠅蛆養殖場居然沒有一例疫情發生后，非常欣喜。他知道蒼蠅和蛆都有極強的免疫力，哪怕是在尸體上生存，吃各種腐肉等食物，也不會生病。
他覺得自己找到了抗擊瘟疫的特效藥，就急忙給隔離區了大量蠅蛆，讓里面的螞蟻涂抹分泌物，生吃蠅蛆肉，以這種辦法了對抗瘟疫。
什么提前做個實驗驗證下蠅蛆分泌物或肉的療效
主角根本沒有時間做這些事情，面對每天數以百計的損失，總蟻口只有一萬出頭的新楊城根本等不及，也根本損失不起。
主角是抱著死馬當活馬醫的心理，才蠅蛆給隔離區的，能不能有效就看天意吧。
幸運的是，之后隔離區的死亡數字的確有下降，但本身每天送進隔離區的病患也在減少，到底是蠅蛆有效，還是疫情在自然消退，主角也說不準。
這場瘟疫最終在6月下旬結束，連續三天沒有出現新增患者和死者后，主角松了一口氣。
隔離區仍將繼續保留七天，到時候才會讓里面少數幸存的螞蟻出來。到時候隔離區將會經過徹底的烘烤消毒候，再徹底填滿封閉。
這邊將永遠不會重新發掘，哪怕將來新楊城需要擴建，也絕對不會向這個擴展，這里將淪為后的小湯山醫院一樣的禁區。
這場瘟疫給新楊城和神使王軍團帶來了極大的損失。