美國隊長所在的牢房非常牢固，在不觸發警報的情況下救出美國隊長，需要專業的科技人員才行。
但神盾局的科研人員大部分都被調離，去執行一項和宇宙魔方有關的秘密項目，神盾局高層已經被洛基控制，那個項目應該是洛基的主意。
洛基不知道對宇宙魔方有什么陰謀，將神盾局的科研人員都調走進行宇宙魔方計劃。
但現在總部沒有科研人員，讓科爾森有些頭疼，但他還是勉強找到了兩個何時的目標，兩個剛剛從神盾局學院畢業的‘雛鳥’。
這兩個雛鳥就是菲茲和西蒙斯，他們剛剛從學院畢業，因為成績優異，還有院長的推薦信，所以兩人都是五級特工，算是屬于實習階段的科研人員。
科爾森手頭上是在找不到人了，只能找到他們兩個，死馬當活馬醫了。
當他們兩個得知神盾局的真相，神盾局高層都被外星人控制了，美國隊長被關押，兩個剛從學院畢業的小雛鳥，嚇的差點站不穩摔倒。
看到他們兩個人的樣子，科爾森也是無奈，他實在找不到信得過，沒有被洛基控制，也不會被注意到的人。
菲茲和西蒙斯平靜心情后，表示一定會幫科爾森的，最近神盾局總部的變化，那種氣氛，實際上所有人都察覺到了。
雖然菲茲和西蒙斯剛剛從學院畢業不久，但兩人的專業知識是非常過硬的，幫科爾森制造了一種儀器，能夠打開關押美國隊長的牢門。
科爾森讓梅等人尋找能夠信任的人，制定逃離計劃，打算逃出總部。
洛基等人沒想到科爾森等人的計劃，科爾森當晚，連夜解救出了美國隊長，還找回了美國隊長的裝備，隨后，一行人奪取了空客，從神盾局總部逃了出去。
當基地的警報響起，洛基等人注意到時，一切都已經太晚了，科爾森等人已經逃跑了。
隨后，神盾局就發布聲明，科爾森等人叛變了神盾局，同時蠱惑了剛剛解凍的美國隊長，命令神盾局抓捕叛徒，格殺勿論。
而科爾森等人逃出了神盾局總部后，自己暫時安全了，緊接著就得想辦法拯救神盾局。
神盾局的全名是國土戰略防御攻擊與后勤保障局，這個部門的意義就是一道防線，一道保護全世界，全人類的防線，屹立于人類與詭異、神秘、危險之間的防線，防止人們得知他們還沒有準好接受的消息，保護全人類的安全。
比如，綠巨人、神域雷神、異能者、外星生物等等，這些都是人類無法接受，會在社會上造成大面積恐慌和輿論的事實，神盾局將其隔絕，不被民眾知曉，暗中解決這些的問題。
但現在守護人類的這道防線，這個盾牌，竟然被外星人奪去了，而且，還不知道這個外星人究竟有什么陰謀計劃。
現在不僅僅是神盾局安危的問題，而是關乎整個地球，整個人類的危機。
科爾森暗中聯絡各地的神盾局特工，聲明神盾局總部的情況，但卻得不到任何的回應。