而作為男主角的岡部倫太郎則是其中最特殊的例外，只有他可以完整的保留其他世界線的記憶，當然，相對的，他會失去當前世界線的一部分線記憶。
比如岡部倫太郎從A世界線跳到B世界線，他能擁有A世界線的所有記憶，但是對于B世界線的自己到底做過些什么，只能從他人的口述中得知。
岡部倫太郎將自己的這個能力命名為——命運探知魔眼。
然后故事的開始是從牧瀨紅莉棲到日本講座開始，在那一天她和岡部倫太郎相遇，也是在那一天她死去，而遇見這個結果的岡部向自己的朋友發送了一條短信，然后因為這條短信被SERN這個組織捕捉到，導致世界走向另一條名為“α”的世界線。
在這條世界線里，紅莉棲還活著，但代價卻是椎名真由理的死亡，并且由于SERN獲得了時間機器的技術，導致整個世界走向反烏托邦的未來。
為了拯救自己的青梅竹馬，得到紅莉棲和來自未來的鈴羽的幫助下，岡部一次又一次的跳躍時間線，只為了回到那條真由理不會死亡的世界線，然而，當成功就擺在眼前之時，一個殘酷的現實出現了——在那條真由理活著的世界線中，紅莉棲會死。
一個是妹妹般的青梅竹馬，一個是天降女友，無論如何都無法進行選擇。
最終，是紅莉棲的自我犧牲，促使了岡部的選擇。
然后，岡部順利的回到了那條真由理還活著的β世界線，但在這個世界，紅莉棲已經死去多日，最殘酷的是，兩人甚至未曾有過任何的接觸，那段兩人相知相遇、為了尋找一個美好的未來而共同奮斗的經歷，在這里，根本不曾發生過。
至此，名為鳳凰院兇真的瘋狂科學家死去了，只留下心如死灰的岡部倫太郎。
直到數天后，這條世界線的未來戰士鈴羽打來電話。
在那條α世界線里，紅莉棲被SERN控制，強行逼迫她制造時間機器，也因此她被稱為時間機器之母。而在如今的這條β世界線里，她同樣有著制造時間機器的能力，甚至因為她的死亡，使得這份資料落在其他國家手中，然后各國開始爭搶時間機器，致使第三次世界大戰的爆發，數十億人的死亡。
鈴羽從未來回來，就是為了避免第三次世界大戰的爆發，而拯救未來的契機，就是保證牧瀨紅莉棲的存活。
于是，岡部倫太郎再一次踏上改變世界的征途，并不是為了拯救這個世界的未來，只是為了尋找那個讓自己心愛的戀人活下去的未來。
最終，在未來十五年后的那個岡部倫太郎的幫助下，這個時間點的岡部終于欺騙了世界，避免了第三次世界大戰的發生，沒有進入反烏托邦的未來，真理由沒有死去，紅莉棲也成功活了下來，終于抵達所有人都期望著的命運石之門世界線。
一切都是命運石之門的選擇。
這樣一個故事，整整二十四集，花了八個多小時的時間，岡部倫太郎和牧瀨紅莉棲完完整整的看完了，然后兩人坐在電腦前面，陷入了久久的沉默。
命運石之門的故事，前期是有些沉悶的，以致于很多人都看得一臉懵逼，但是這兩人不同，一個是二十一世紀最偉大的科學家，一個自稱為瘋狂科學家，故事前期那份嚴肅沉穩的科學風就已經深深吸引了他們，更何況還是自己的故事，至始至終都沒有挪開過視線。
但是——
果然還是十二集之后的**最厲害，那份緊張感壓得他們幾乎喘不過氣來，還有真理由一次又一次的死亡，必須二選一的殘酷命運，仿佛死死揪住了他們的心臟。
不過還好……還好，最后的結局是美好的。