在霍峻、諸葛亮的主持下，重新編排尚書臺各部門組織體系。引入兵部曹，將五曹六尚書改為六曹六尚書。
三公曹，改為吏部曹，負責州郡官吏的考績，掌控官吏升遷；客曹、吏曹，合并改為禮部曹，負責教育、察舉、祭祀、執掌諸夷外交事宜。
民曹改為工部曹，舊職權范圍不變，將成都蜀錦、交嶺制糖、鹽鐵官營等相應組織歸入工部曹管理。二千石曹，改為刑部曹，負責重核州郡刑罰案件，管理州郡法官、治安等事務。
將舊五曹中有關賦稅、田畝、戶籍、俸祿等相關司曹，整合為戶部曹。而后將武官之任選、水路驛站、邊報傳送、將士撫恤等相關部門整合起來，設兵部曹。
在尚書臺設六部看似奇怪，但實際上尚書臺在成為全國政務總匯之后，將中樞各權利集中到尚書臺屬于是必然之事。
如曹魏早就對尚書臺改革，引入吏部、五兵、度支、左民等曹。名稱與后世的六部或有些出入，但具體而言其職權與六部制并無大區別。
尚書臺在經歷南北朝之后，演變為尚書省。至于中書、門下二省，因曹操父子忌憚尚書臺權利過大，故而設立中書監，即中書省之前身，以侍中、秘書郎分權尚書臺。
南漢雖設秘書監，且以王粲負責。但其目的不是分尚書臺之權，而是代皇帝負責起草文書，以及管理宮中侍郎、侍中。
歷史上，曹叡托孤時，改變托孤人選者，正是負責中書監的劉放、孫資二人。及曹爽、司馬懿輔政時，因有中書監分權，二人雙雙加領侍中，以確保二人可以插手中書監之事宜。
今霍峻、諸葛亮趁著空暇之機，調整尚書臺下的架構，與曹魏相比而言，實際上還晚了一步。
金陵行臺方面，霍峻根據其相應之事務，僅會設立部分部、司，以確保能將江東物資集中至金陵。
在侍從退下之后，霍峻重新持筆，批閱官吏人事轉遷名單。
因涉及編設六部與年終后的業績考核，吏部所上報的任官人員名單冗長，霍峻需好好研究。
“嗯？”
在刑部人員中，霍峻似乎發現什么，問道：“諸葛蕃為何人？”
吏部侍郎王祥拱手說道：“稟明公，諸葛蕃為歸義士人，其為徐州瑯琊人，為諸葛氏之遠親。我軍攻破壽春之后，諸葛蕃從青州南下投我。”
霍峻看向王祥，說道：“據舊時之法，歸義士人當受尚書臺考核，而后根據才學，委縣郡長吏。今諸葛蕃初歸大漢不久，怎能驟遷至刑部任職？”
說著，霍峻微微蹙眉，問道：“可是因諸葛氏之故，吏部加以蒙照，越級而拔之？”
吏部尚書負責人為尚書仆射馬良，而馬良屬于諸葛亮迷弟。諸葛亮或許不會因諸葛蕃加以照顧，但馬良難免會伸手幫襯一二。
不管諸葛亮本意如何，諸葛氏在南漢已經成為頂級世家，其在政壇方面的影響力已超過霍峻。
即便諸葛亮不想照顧其族人，但因各種原因也會有人出面照顧。如諸葛誕入漢之后，因為諸葛亮族弟，加之其文武兼濟。
諸葛亮顧慮多重因素，不想授予太高的官爵。但考慮到諸葛誕帶兵歸降，以及在左右的勸說下，最終授以雜號將軍，拜都亭侯。