但是在有了思維儀之后，楊奇就能夠以思維的速度在輔助智腦中編寫系統代碼。楊奇頭腦反應非常快，一個小時就足足編寫了百萬行代碼。之所以編寫代碼的效率這么高，不但是因為思維的傳輸速度非常快，只要是想到的東西馬上就會在輔助智腦中顯示出來；同時也是因為楊奇是漢語言的創造者，對漢語言非常熟悉，所以才能以如此高效的方法進行操作系統的編寫。
在燕飛完成超級核電站的修建之后，楊奇使用思維儀的時間就恢復到每天五個小時。楊奇將這五個小時全部用來編寫操作系統的代碼，每天能夠編寫500萬行的代碼。
楊奇一直這樣堅持了10天，然后這個長達5000萬行代碼的操作系統終于完成。接著楊奇利用科技推演系統對這個操作系統的代碼進行推演，結果就在里面發現了上千處的BUG。
一般來說，每個剛剛出現的操作系統中就會存在大量的BUG，所以在新的操作系統上市之前都會進行內測，希望能夠發現里面的BUG，并將它們改正。不過就算是這樣，一個新系統上市后也會被發現非常多的新BUG，使得這個新系統非常的不安全，甚至一些BUG從這個系統在市面上銷售到退市的時候都沒有被發現。
所以楊奇的系統盡管出現了一千多處BUG，但是他并不著急，而是慢慢的修改這些BUG。一直到三天后，楊奇才將這些BUG全部修復，這個光子電腦的操作系統就全部完成了。它雖然不是最先進的，功能也不一定完善，但是它一定沒有BUG，是最安全的系統。
相比之前人造鯨魚和超級核電站的智能控制系統，光子計算機的操作系統就復雜得多。所以智能控制系統能夠在很短的時間里編寫出來，但是操作系統卻需要花費非常多的時間才能完成。
而就在楊奇研究光子計算機的時間里，燕飛利用小型生產車間再次生產出一條人造鯨魚。這條人造鯨魚同樣完美，在安裝好智能控制系統之后，就已經進入海洋中，提取海水中的鈾元素去了。然后在得到楊奇傳過來的關于光子計算機的生產計劃后，就開始在小型生產車間中生產光子計算機。
光子計算機有別于人類之前的所有計算機，所以它的生產過程非常復雜。不過好在生產它的原材料非常普遍，獲得它非常簡單。同樣的，生產這臺光子計算機，里面也要加入黑金元素，只有黑金元素，才能大幅提升光子計算機的性能，讓它達到世界上最先進的水準。
所以就在楊奇將光子計算機的操作系統編寫出來之后，燕飛利用小型生產車間已經生產出了第一臺超級光子計算機。
按照楊奇的估算，這臺超級光子計算機的最高計算速度能夠達到恐怖的每秒十萬億億次。而且因為光子計算機能夠進行并行計算，所以它的實際運算速度至少還要在這個基礎上提升一倍以上，也就是每秒二十萬億億次。
世界上最快的超級計算機本來是華夏的神威.太湖之光，它一直蟬聯世界上運算速度最快的超級計算機榜單第一名。直到18年才被米國的超級計算機Summit超越，Summit的峰值速度為每秒20億億次。
也就是說，世界上運算速度最快的超級計算機的運算速度只有每秒20億億次，而楊奇設計的這臺超級光子計算機的運算速度為每秒20萬億億次，這個光子計算機的運算速度足足是世界上最快計算機的萬倍以上，它已經超越了人類社會所有超級計算機的計算極限。