不過在此之前，燕飛鎖定了五十一區的機場跑道，利用AIM-120空對空導彈將正在機場跑道上滑行的幾架F-15戰斗機全部摧毀，不讓機場里的米軍戰斗機來破壞自己這次的攻擊。而沒有了米軍飛機后，這里就完全是燕飛無人機的天下了。
解除威脅后，無人機來到五十一區進出地下研究區的入口處。此時的入口處非常混亂，因為地底研究區發生了原因不明的大爆炸，已經炸毀了很多研究室。繼續呆在地底已經不安全，幸存者們都在廣播的提醒下快速撤離這里，一些撤離早的人已經駕駛車輛離開這個基地了。
燕飛沒有管離開的那些研究人員，他駕駛無人機飛到出入口上空，無人機的機腹打開，一枚體型巨大的GBU-28型激光制導炸彈發射出去，向著下面的通道口飛去。在無人機機腹打開的一瞬間，無人機的行蹤短暫被米軍雷達鎖定，但是等到無人機機腹關上，米軍雷達上的目標就消失不見了……
GBU-28型激光制導炸彈是無人機威力強大的鉆地炸彈，一枚的重量就達到了2.3噸之多，是無人機威力最大的攻擊武器。不過燕飛一直都很少使用這種大威力炸彈，是因為他很少遇到需要鉆地攻擊的目標。他現在想要摧毀位于地底200米深處的五十一區，這種威力強大的鉆地炸彈就是最好選擇。
在量子雷達的指引和輔助智腦的精準操控下，這枚GBU-28型激光制導炸彈垂直擊中五十一區的出入口，不過這枚GBU-28型激光制導炸彈沒有像其它炸彈一樣馬上發生爆炸，而是破開堅硬的地面向下鉆地，等到GBU-28型激光制導炸彈鉆到地面之下100米的時候，它的延遲引線才被激發，然后發生猛烈爆炸，將100米深處附近的建筑全部摧毀。而這股爆炸的沖擊波也反向沖上地面，將出入口通道附近沒來得及撤離的科研人員全部炸死。
GBU-28型激光制導炸彈第一次鉆地就達到了100米深，是因為它鉆地的地方是米國人修建的電梯升降井，里面有大量中空空間，所以才會取得這樣好的鉆地效果。接著燕飛發射了第二枚GBU-28型激光制導炸彈，這枚GBU-28型激光制導炸彈沿著之前開辟出來的通道繼續向下鉆地，不過這次的鉆地效果不是很好，只是向下鉆地了60米。等到燕飛發射第三枚GBU-28型激光制導炸彈后，這枚GBU-28型激光制導炸彈才來到200米深處的地底，將下面的大量研究中心摧毀。
五十一區覆蓋的范圍非常龐大，各個科研建筑只見有了堅固的隔離設備，就算燕飛炸毀了其中一個重要區域，卻無法引起大型連鎖反應，將整個五十一區全部摧毀。
燕飛也明白這個道理，于是他轉變攻擊目標，開始攻擊距離出入口處一公里地面。在量子雷達的掃描中，燕飛知道在地底100米深處有很多的大型建筑，建筑里面還有大量的研究人員存在。燕飛不知道200米深處的地底有什么重要的東西，但是在100米深處有這么多科研人員，就已經值得他對這里進行攻擊了。
一枚GBU-28型激光制導炸彈擊中沙漠地表，向下快速鉆地。這里沒有中空的電梯井，所以當GBU-28型激光制導炸彈進入地底80米處的時候，就發生了猛烈的爆炸。不過這里距離100米還有一段距離，并沒有對100米深處的研究中心和人員造成傷亡。不過第二枚GBU-28型激光制導炸彈則是鉆到了140米的深度，爆炸的余波沖擊到100米深處的科研機構和人員，將科研人員大量殺傷。
接下來燕飛再次發射了兩枚GBU-28型激光制導炸彈，才終于來到200米深處，將下面的大量科研建筑炸毀。
消滅這個目標后，燕飛正準備轉換攻擊目標，就發現200米深處的地底好像有些不一樣的地方。在之前被摧毀的地底中，到處都是狂暴的紅色火焰和濃煙。但是在這個地底中，出現的卻是藍色的神秘光芒，那本來應該出現的紅色火焰和濃煙不知所終。