大量液態水出現后，在一些地底高溫巖漿和氣體的作用下，它們開始大量的從液態變成氣態，它們升上天空，形成了最為原始的火星大氣層。按照火星大氣層的宿命，這些水蒸氣一定會逃逸到太空中，然后消失不見。但是在火星剛剛出現的磁場的束縛下，這些水蒸氣并沒有逃逸到太空中，它們被火星磁場束縛在火星表面。
在剛剛出現的火星地表裂縫中，還噴出了很多的高溫氣體，這些高溫氣體的成分非常復雜。它們融入天空中的水蒸氣中，共同形成最為原始的火星大氣層。
火星上從內而外的變化足足持續了半年時間，經過這半年時間的不斷演變，火星的磁場已經徹底穩定下來，火星表面的低洼地帶出現了幾個小型湖泊，空氣中出現了原始大氣。但這些原始大氣里主要以水蒸氣為主，其它還有大量的二氧化碳，外加微量的氧氣，除此之外，就是很多的有毒氣體。
在燕飛的努力下，火星的環境已經得到巨大改變。但這樣的火星環境非常惡劣，根本就不適合人類在上面居住和建設。想要讓它變得環境宜人，燕飛還必須在之前的的基礎上進行第二次開發。
在這半年時間里，燕飛無人機母艦的第二個子系統——運輸機系統第一次得到了使用。燕飛已經將這兩艘運輸機派了出去，讓它們前往小行星帶，按照之前得到的情報對這里的一些含有大量水源的小行星進行捕捉，然后將這些小行星收進通用空間，再讓超級戰斗機按照一定的速度和角度將這些含水小行星投向火星。
這些含水小行星依次撞擊到火星地表上，通過這種撞擊為火星繼續加熱，同時還不斷改變火星的地形地貌，為火星的地形多樣性創造條件；但因為這些小行星是從極低的高度被釋放出去的，它們對火星表面雖然有一定影響，但是卻無法對火星進行巨大的破壞。就算這個時候有人在地球上利用望遠設備觀察著火星，也不會發現有小行星正在撞擊火星。
這些小行星還為火星帶來了巨大的水資源，增加著火星的生命底蘊。在兩艘運輸機的不斷努力下，火星上的水資源急劇增加。當整個小行星帶的含水小行星全部被燕飛轉移到火星上的時候，火星上的水資源在之前的基礎上足足增加了十倍。
但這點水資源只夠將火星表面的15%面積覆蓋，而且被覆蓋地方的水還不深，依然無法滿足大量地球人類在火星上生活的條件。到了這個時候，燕飛就將目光放到了太陽系內水資源含量最為豐富的一顆星球，木星的衛星——木衛二上面。