血湖湖面的驚濤駭浪之中，一道紫色的身影從水下破水而出，碇真嗣此時展現出來的力量已經可以熟練的操控at力場，在水下上升的過程根本不是在游泳，而是腳下憑空誕生出一圈圈六邊形力場。就好像是武俠中的高手那般，利用輕功在虛空中踏步，就飛快上升，甚至于離開水面了，依舊可以用這種離譜的模式上天。闌
eva涉及的諸多功能之中，本來是沒有飛行能力的，就算是劇場版中也是增加了飛行模塊之后才能夠實現飛行，機體本身并沒有這方面的功能，但初號機現在卻可以進行一定程度的空戰了。
在巨型機體的手中，還握著一個巨大的球，球體表面浮現出了一層層六邊形光芒，就好像是使徒在保護自己的s2機關時釋放的一樣。
這層光膜保證了水壓和水流不會傷害到那個球體，這個時候去看就能夠發現，那其實就是三賢人系統的主機。
碇真嗣將整個地下基地打穿的同時也沒有忘記這次他要執行的任務，不僅成功將主機帶了上來，而且用at力場保護，保證了主機不會受到任何外部損傷。
藍諾都沒想到事情會這么順利，初號機就好像是武林高手一般在波濤洶涌的湖面上如履平地，根本沒有用任何輔助設備，就幾步奔跑到岸邊，等到初號機半跪下來插入栓彈出，藍諾參與初號機成功建立聯絡，同時看到插入栓內部已經空無一物。
碇真嗣又一次融入到了初號機的內部，只不過這一次一切都完全是由他自己來主導的，此時的碇真嗣似乎還沒有發現這一點，正想著把插入栓彈出，然后開門離開，等到這時才意識到，自己的身體已經不見了。
“大叔能聽到我說話嗎”通訊頻道之中響起了碇真嗣的聲音，他對于心靈之光的應用雖然還非常粗淺，但一些本能的溝通的手段已經可以做到了。闌
藍諾眉頭緊鎖“你又溶解在初號機里面了，想想辦法，看看能不能重新凝聚出身體，回憶一下你從海洋中獲得身體的感覺。”
碇真嗣也有些茫然，本來他以為自己這次解開基因鎖的深度如此之深，接下來迎來的反噬將會無比痛苦，但卻沒想到根本沒有感受到痛苦的感覺，整個人和初號機融合在了一起，似乎是依靠著這種方式，抵消或者是拖延了基因崩潰的反噬。
藍諾聽到了他對自己狀態的描述和對現在的情況的困惑，不由的抬頭與初號機那一對釋放出白色光芒的眼睛對視，這一切或許正是機體之中，碇真嗣母親所做的，她或許并不清楚，解開基因鎖和解開基因鎖后的反式具體是什么，但有極大概率，碇唯本身就在機緣巧合中解鎖成功，理解著后面的反噬，而現在則是用自己的手段保護碇真嗣。
這其實有點像是藍諾用武學手法按摩，來緩解碇真嗣的痛苦和反噬的程度。只不過效果更好。
“沒辦法重新凝聚出身體，那就稍微等一下，你現在至少是可以控制機體的，我檢測了一下插入栓之內的液體成分，并沒有隨著時間的推移變得更加渾濁。
從這個角度來推論，你在初號機之中駕駛的時間暫時不會受到任何限制，就算現在無法獲得軀體，也可以重新進入水下，在廢墟之中搜尋我們所需要的設備，你有過兩次凝聚出身體的經驗，這一次應該也不成問題。”
得到藍諾的安慰讓碇真嗣感到輕松了不少，將插入栓重新收回了初號機內部，并且開始了安靜的等待。闌
同時藍諾已經指揮幸存者之中的程序員將初號機攜帶上來的三賢人系統的主機進行安裝，安裝的同時，他則開始對三賢人系統進行破解，將原本安裝在系統之中的人工智能卸載。
把科學家和母親的人格注入到關乎到人類命運的人工智能系統之中，勉強還可以理解，但把女人的人格注入進來，多少就有點坑爹了。
稍微認識幾個女性的人，特別是戀愛中的女人，都知道，這特么就是一種沒法用理性分析的動物，喜怒無常，十分的不穩定，讓這種人工智能做出決定人類命運的事情，簡直就是把核彈發射按鈕放在一個精神病的手里。
藍諾利用系統本身的硬件，重新輸入驅動程序，并且輸入自己編寫的人工智能，將系統原本的職能覆蓋的同時，讀取數據庫中內容，那是關于地下的nerv總部的情報，還有之前消滅一個個使徒的記錄。