原本他下潛到如此深度的水下，受到水壓的影響會感到相當的痛苦，畢竟他是和初號機感官共享的。
就算出號機的體積巨大，給他帶來的壓力也幾乎相當于普通人沒有任何裝備的情況下，潛水到接近一百二十米的深度。闌
這種巨大的水壓，雖然不至于致命，但也會讓人痛苦萬分，難以集中精神。
但現在，他卻完全沒有這種痛苦的表現，并不是因為他現在已經適應了這種感覺，而是因為他已經可以精確的控制at力場，覆蓋在機體表面，抵消掉水下巨大的壓力，逐漸熟悉了這種力量的使用后，他不止可以降低自己受到的水壓，還可以降低自己在水下活動時受到的阻力，靈活程度得到了大幅度提升。
在地圖的指引下，十分鐘不到的時間就已經找到了第一處殘骸。這也是最重要的一處殘骸，二號機的頭顱，這個位置不只是頭部，還是插入栓進入的位置，也就是二號機駕駛艙所在的位置。
碇真嗣將殘骸固定在鋼纜之上，與地面聯系之后，湖邊的絞盤就開始轉動，將殘骸運送到湖邊，在那里已經有人開著工程機械，將殘骸運輸出來。
在海邊的位置，工程隊挖出了一個大坑，大坑大致成人形，是一個平躺在地面的姿態，大概足以一個身高五十米的巨人躺進去。
二號機頭部的殘骸，就被運送到這里，然后通過一系列的支架，固定在大坑之中頭部的位置。
初號機又陸續從水下將更多的殘骸運送出來，那都是二號機身體的一部分，在和量產機戰斗的最后階段，二號機沒電后無法繼續行動，最終慘遭分尸，在戰斗結束的時候，已經變成了一塊塊碎片散落在地下基地的各處。闌
初號機是根據戰斗過程中，基地各地的監控攝像頭所記錄下來的圖像，對那些散落在各地的碎片進行搜索的。
值得慶幸的是，二號機的骨架基本保留完整，量產機真的像是一群禿鷲一般，對二號機進行蠶食，但他們也像是禿鷲一般將骨架留了下來。
明日香在看到如此凄慘的二號機的時候，忍不住捂住了自己的眼睛，那天經歷的一切，對于她來說已經留下了心理陰影，不過她從那種狀態中能夠挺過來，也證明在那過程中，她的心智經過鍛煉也已經強大到了遠超常人的程度。
最終被放置在大坑中的，是一具幾乎完整的骨架，骨架之上還有少量的血肉，以及一部分經絡和機械，也被拼裝在相應的位置。
支撐著這些骨架的，是大量木質的腳手架，木頭在這個時代，反而成了比金屬更加珍貴的材料，森林已經融化消失掉了，木材這種東西也是越用越少，但幸存者們還是把這些寶貴的木料用在了大坑里。
因為根據幸存者中eva工程師的推斷，二號機在重新恢復了血肉之后，這些原本作為支撐結構的腳手架，會直接插入到二號機的內部，如果是金屬結構的話，很可能對機體造成相當嚴重的破壞。
相比之下，如果是有機物的話，則有可能在這個過程中直接被二號機的機體吸收轉化為身體的一部分，也就不需要在修復完成之后將里面的鋼筋一點點清理出來，造成二次傷害了。闌
殘骸的搜集過程足足持續了兩周時間，碇真嗣基本上將二號機的外部裝甲和骨架全都搜集了上來，量產機吃掉的只是血肉，這些結構基本都保持完整，重新套上了一層外裝甲的二號機，從高空中俯視有那么點兒亡靈騎士的感覺。從鎧甲的縫隙之中能夠看到里面巨大的骨骼。
而隨著準備工作完成，大坑與海水相互聯通，紅色的海水涌入了大坑之中，將二號機的殘骸淹沒。
明日香看著殘骸上的插入栓，臉上露出不信任的表情“我真的要進去嗎現在這種狀態的機體，就算是我進去了，也根本沒有任何意義吧這上面好多骨頭都沒連在一起，我怎么操控他們，你是在侮辱我的智商嗎”