在緊急情況處理完畢之后，所有人都是驚喜的看著有些迷茫的從駕駛艙中爬出來的明日香，沒有經過訓練就可以將同步率提升到這種程度，甚至是在沒有穿戴作戰服的情況下，就完成了對二號機的啟動和駕駛，這簡直就是天生的駕駛員。
和她相比，就算是明日香的本體也不算什么了，于是明日香順利的成為了二號機的第一適格者，而隨后的訓練更是給在場的科學家們一個巨大的驚喜。
明日香展現出來的不只是極高的同步率，同時還對各種戰斗技巧一學就會，雖然還是一個小學生的模樣，但就算是成年人在她面前，也走不過幾招就會被制服。
而隨著更多的訓練，明日香原本就非常優秀的身體素質，也在這個過程中變得更加優秀，全方位的素質都不遜色于該領域中最優秀的運動員。
在對戰模擬的測試之中，打敗了難度最高的人工智能，更是沒有任何人能夠在模擬測試之中，和她的對戰之中取得勝利。
所有人都相信明日香將成為最優秀的駕駛員，至于與此同時，初號機的駕駛員這邊
碇唯親自與初號機進行同步實驗，而在實驗的過程中，意外發生，碇唯的同步率驟然提高到了百分之四百，實驗室之中全都是一片紅色的警報。
但這個時候就算是停止實驗也做不到了，工作人員緊急彈出了插入栓，可將插入栓打開之后，里面空空如也，碇唯已經徹徹底底的融入到了初號機之中，靈魂成為了初號機的一部分。
年幼的碇真嗣雖然在基地之中生活，但卻并沒有目睹這一幕，只是他的直覺已經強到了一定程度，本能的預感到今天會有不好的事情發生，憑借自己的記憶，很快就找到了實驗室所在的位置，然后就看到他的父親臉上露出了前所未有陰沉的表情，那眼神不論是看向任何人，都會帶來恐懼。
碇真嗣平靜的看著那雙眼睛，同時也從中讀出了許多東西，他的母親在實驗的意外之中永遠的消失了，原著中碇真嗣根本不清楚自己的母親是如何消失的，很可能就是因為這時受到的沖擊太大，導致了記憶失去。
但這次碇真嗣對每一個細節都記得一清二楚，在他的父親將他趕出去之前，就已經飛快掃了一遍實驗室中所有的屏幕，并且將實驗室中所有人的對話清晰的聽在耳朵中記下來。
而此時他已經是雙眼一片茫然的狀態，母親的消失父親的異樣表現對他的刺激終于讓他第一次解開了基因鎖。
解開基因鎖之后獲得的不只是戰斗本能，人的記憶力，理解能力，學習能力，都將提高到一個常人難以企及的地步，在這種狀態下，人類會全方位的變成超人，幾乎沒有任何弱項。
而這狀態也不只能用來戰斗，同樣可以用來記憶，碇真嗣記住了這房間中的一切，包括屏幕上的每一個圖像。桌面上的每一個文件，上面的每一個字符。
即便他現在還不認識所有字，還無法理解這一切，但卻已經將這一切牢牢的記在了腦子之中，當他能夠讀懂這些東西，并且理解他們的時候，他就能夠從回憶之中將細節翻找出來，搞清楚今天究竟發生了什么