整個第三新東京是再一次進入了緊急狀態，正在家里做飯，等待明日香和藍諾歸來的兩個孩子也被迅速召回了總部，準備駕駛eva，迎擊使徒。
“可惡，為什么偏偏是這種時候。”碇真嗣不知道為什么，心中一直有一股焦慮的感覺“早不來，晚不來，偏偏這個時候來，好不容易準備的聚會，這下全都泡湯了，讓我知道是哪個使徒，看我不把他的屎都打出來。”
隨著碇真嗣進入自己的機體之中，按照系統之中給出的指示，飛快的前往了事發地點，那是軍事基地附近的山區。
在看到這里越來越熟悉的地形后，碇真嗣逐漸開始有了不好的預感。
而隨著碇真嗣走入了山區之中，就看到從山峰的對面，一臺和自己駕駛的初號機相差不多的機體，緩緩的從對面行走了過來，而在那面還有爆炸的巨大煙塵沖天而起。
“不，不會吧”
與此同時，就在他的耳邊，碇司令的聲音響起“從現在起，廢棄新世紀福音戰士三號機，識別為第九使徒。”
“攔截部隊準備進攻。”
軍方的部隊已經在山區之中布置完畢，大量火力點瘋狂的朝著三號機的方向傾瀉著自己的火力。
“那是使徒”
“沒錯，那就是目標。”碇司令的聲音，絲毫不帶感情。
碇真嗣聽到這個消息簡直是如遭雷擊“明日香還在上面，大叔還在上面，你們怎么能攻擊”
雖然軍方的攻擊一如既往的沒有任何效果，打在三號機之上只能炸出一團團煙塵，連裝甲都無法損壞，但碇真嗣還是陷入了極大的慌亂之中。
一直以來那種成熟和從容似乎從他的身上消失了，曾經的他能夠從容的面對一切，有相當程度的原因都是有大叔陪在他的身邊，一切都可以幫他兜底。
但現在藍諾已經出了意外，就坐在被使徒感染的三號機內，而他們正在面對人類狂風暴雨一般的攻擊，再也沒有人能幫他兜底，而自己最重要的人也全都在使徒的體內。
這一刻，碇真嗣只感覺仿佛是被命運抓住了喉嚨，無法接受現實，讓他有種幾乎想要嘔吐一般的感覺。
“目標正在接近，你要打倒他。”碇司令依舊冷酷的下達著命令。
碇真嗣看著越來越近的三號機，一時間竟然忘記攻擊，他看到正在彈出的插入栓，被一層粘稠的如同血肉的東西粘在了三號機的身上，那里面正是明日香和藍諾。
然而已經轉化為使徒的三號機并不會管碇真嗣是怎么想的，在接近了初號機之后就果斷發動了攻擊。
一躍而起，直接穿透了初號機被動的at力場防御，雙手勐地抓住了初號機的脖子。
碇真嗣同時也抓住了三號機的雙手，用力爆發自己的at力場，他的心靈之光的強度還是非常強悍的，靠著蠻力，硬生生的把掐住脖子的雙手掰開。
然而使圖和正常的機體顯然是不同的，完全不講道理的將肩膀的鎧甲爆開，然后從肩膀之中竟然彈出了又一對手臂，這對手臂又勐的掐住碇真嗣的咽喉。
而且這一次不只是掐住了他的喉嚨，更是有藍色的像是污染一樣的東西在初號機的脖子上蔓延。
“是侵蝕類型的使徒，將初號機的同步率控制在28以下。”
“不。”然而還不等有人操作，碇司令就拒絕了這個命令。
“這樣下去駕駛員會死的。”
碇司令沒管身邊人的提醒，而是直接在通訊中詢問“為什么不攻擊”
“大叔和明日香還在上面啊”碇真嗣即便是被掐著脖子，還是努力的回答。
“沒關系，那家伙是使徒，是我們的敵人。”