傀儡系統帶來的那種強烈的沖動，碇真嗣現在能夠清晰的感覺到，那不只是單純的瘋狂，其中還有相當部分的早就設定好的程序在其中，那其中就包括了主動破壞三號機內部的插入栓。
即便是現在，他將兩個插入栓平穩的放在地上后，初號機依舊有著上前將插入栓破壞的沖動，而且越來越強烈。
只不過傀儡系統在碇真嗣面前已經不夠看了，在他強大的自我意志面前，傀儡系統再怎么慫恿他，再怎么嘗試接管初號機都無法做到。
就好像是被一只手按住的小老鼠一樣，再怎么掙扎也無法逃走分毫。
碇源堂通過監控屏幕看到這一幕，一雙手遮住了自己的半張臉，以掩飾自己的表情變化，眼前這一幕，徹底出乎了他的預料。
他本想要提前開啟人類補完，并且以自己為主導，人類補完和創造神明的沖擊或多或少還有一些區別，第三次沖擊一般情況下，存在兩種可能，一種是使徒和亞當結合，另一種是生命果實與智慧果實相互融合，加一個s2機關。
而人類補完計劃需要的則是初號機的駕駛員精神崩潰加上s2機關的輔助，如果按照原計劃進行的話，還需要朗基努斯之槍。
而現在計劃似乎出現了很大的問題，人類補完計劃這邊，初號機駕駛員的精神崩潰完全無法達成，碇真嗣不知道發生了什么在這一次輪回之中變得不可思議的堅強，而且自身的各項素質也變得極其強大，甚至已經逐漸調查清楚了關于使徒的全部秘密。
現在雙方幾乎是站在一個對等的位置上了，當碇源堂看到初號機轉過身，面向基地總部的大金字塔的時候，就認識到了這一點。
已初號機，現在還剩下的電量，足以將整個總部毀滅。特別是現在的初號機，在眼前超強的駕駛員的駕駛下，可以輕而易舉的將at力場外放，像使徒一樣釋放出毀滅性的范圍攻擊。
雖然還只剩下三分鐘時間，但毀掉基地綽綽有余了，而碇真嗣所做的還不止如此。
輕輕的將兩個插入栓放在地上之后，他便操控著初號機，冰冷的看了一眼大金字塔，卻并沒有直接爆發出來，而是一步步走向了倒下的三號機，雙手覆蓋上at力場，隨后勐的插入了3號機的胸膛，在插入栓被取出后，就不需要擔心感官共享的問題了。
而這時候三號機面對初號機，根本就一點抵抗能力都沒有，但初號機卻并沒有趁著這個機會徹底毀掉使徒的核心，而是用自己的高震動粒子切割匕首，切開了使徒的胸膛，從里面掏出了一顆紅色的球體，那正是s2核心。
碇真嗣這些天來已經通過自己的調查，了解了一部分死海文書的內容，更了解了s2機關可以給他無限能源。所以這一次果斷的沒有將使徒的核心破壞，而是將它完整的挖了出來。
耳邊響起碇司令的聲音“你想干什么戰斗已經結束了，摧毀使徒的核心”
然而碇真嗣卻搖了搖頭“摧毀你們不是本來就需要我吞噬掉這東西嗎既然如此，現在又何必要阻止我”
說話之間初號機就像是尹甸園之中啃食蘋果的人類先祖那般，將火紅色的s2機關吞進了自己的口中。
而隨著使徒的核心進入到初號機的體內，源自使徒的力量開始在初號機體內橫沖直撞。這本身就是一個擁有侵蝕性質的使徒。此時吃到體內就好像是將帶有污染的菌群吃到了體內一般
正常情況下，初號機也會被使徒連帶著污染。然而強大的at力場在初號機的體內爆發，毫無懸念的將使徒鎮壓抹殺，隨后徹底將s2機關融合成為了初號機真正的能量來源，而剛剛的倒計時也永遠停在了兩分五十八秒，擁有無限能源的初號機，已經再也不需要擔心沒電的問題了。