然而他的命令很快得到了回應，零號機的駕駛員拒絕駕駛，并且零號機的傀儡系統無法對零號機進行操控。
更讓碇源堂始料未及的是
總部金字塔的最下方，最終教條區，隨著電梯門在密鑰的輔助下打開，綾波麗穿著作戰服，獨自走了進去，而她面對的，是被釘在十字架之上，體型巨大的莉莉絲。
隨著凌波麗來到巨型人體旁邊，靈魂中的某種力量似乎開始了與眼前的龐然大物共鳴，雖然是衰弱的被封印的狀態，但本體足有四階高級的力量即便只是泄露出一點，也對凡人世界有著無比強大的影響力。
隨著這部分力量開始共鳴，零號機也開始了暴走，插入其中的傀儡系統被零號機強制彈出，隨后在天上亂飛的插入栓被零號機，一把抓住，在機體巨大的力量下一把捏碎。
碇真嗣身上出現的意外碇源堂多少能有些預料，畢竟這孩子這一次變得太過堅強。似乎從靈魂本質的層面都變得更加強大了，超出預計也是有可能的。
但綾波麗本應該最聽他的話的，這個時候也出意外了就意味著情況已經徹底失控，綾波麗是沒有能力抵抗傀儡系統的，也沒有能力靠著自己的力量就屏蔽掉基地的電磁信號，保證零號機的獨立運轉。
因此她并沒有選擇登上零號機，那樣做，不管她想不想，最終都必須要和碇真嗣戰斗。而現在的她選擇的則是讓零號機徹底失控，無法參與到戰場之中。
只有eva才能對抗eva，雖然這不是一個定律，但基地的防御火力朝著初號機攻擊過去，的確沒有起到任何作用，六邊形的光芒頂在初號機的面前，將所有的攻擊都拒絕在外。
在零號機無法啟動，二號機的駕駛員被他們親自坑到昏迷的狀況下，眼前似乎已經沒有什么能阻止初號機了。
再多的火力命中，在出號機的身上，也不過是在他的身邊燃放煙花，就看到初號機來到大金字塔面前，伸出手來，將金字塔的外裝甲掀開，指揮大廳已經暴露出來，近距離面對初號機的那種壓迫感，和遠遠的看著他根本不是一個概念，從金字塔上破開的缺口往外看，就能夠看到巨人就站在近在遲尺的地方，窗口只夠看到他頭部的位置，甚至不足以看到整個頭部。
所有人的心都提到了嗓子眼，碇源堂也終于無法再保持強硬了，因為初號機的手已經伸到了總部之中，而那只手距離他所在的位置只有不到一米。
別說是他現在還沒有獲得尼布甲尼撒之匙，除了移植了亞當胚胎之外，基本上就是凡人之軀，就算是他被轉化之后，也絕對不足以抵擋初號機的抹殺。
在那只手將自己抓住的前一刻，碇源堂終于改口了“停下，所有的傀儡系統將銷毀，不會再有傀儡系統存在于這個世界上。”
“現在再提出談判，條件就不只是傀儡系統了。”碇真嗣的動作暫停下來，但卻依舊保持著隨時準備攻擊的姿態。
“不只是我這幾臺機器上的傀儡系統要徹底封存，在世界各地生產的量產機以及控制他們的傀儡系統和s2機關，都必須要銷毀或封存。除此之外，我要親眼去看死海文書的原典和人類補完計劃的詳細內容。”
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