王穉登的騙案雖然在江南人盡皆知，但是此時真正影響天下的大事還是妖書案。
這個案子出現的時間實在是太巧了，朱常洛雖然當上了太子，但是日子并不好過，萬歷皇帝和他的關系比較冷淡，且鄭貴妃想要自己的兒子福王登上皇位的言論甚囂塵上。
就在這時內閣大學士朱賡在家門口發現了宣稱萬歷皇帝想要換儲君的妖書，更利害的是妖書之中指名道姓的批判內閣大學士朱庚和首輔沈一貫是鄭貴妃的幫兇，自然驚的一佛出世二佛升天。
朱賡不得不上疏為自己辯護，被提到的沈一貫也上疏，朱賡和沈一貫兩個大學士為了避嫌只能待罪在家。
然后兩人就開始懷疑
內閣總共三人，倒了兩個，而偏偏有東林黨支持的沈鯉的名字沒有出現在妖書之內。
萬歷三十一年的黨爭已經惡化，沒事都要互相攻擊，此時有一點火星子，兩邊哪里有不爆炸的道理
局勢緊張的情況下各黨都希望利用妖書案去攻擊對手，沈一貫代表的浙黨和沈鯉代表的東林黨勢力很快開始互相攀咬。
先是東林黨的同知胡化上書告發浙黨的訓導阮明卿“造作妖書”。
沈一貫本就懷疑沈鯉，見到東林黨人先攻擊，為了化被動為主動，連忙也指使黨羽上疏攻擊沈鯉和禮部尚書郭正域與妖書案有關。
于是原本還能獨自主持內閣工作的沈鯉也被拉下水，萬歷朝的內閣全部淪陷。
萬歷皇帝的逐客令就是從巡城御史搜查沈鯉的住宅開始的，沈鯉喜好結交名士山人，浙黨御史搜查沈鯉的住宅時從他家里找出一個和尚，一個醫生，還有一個琴士。
大明是有黃甲法的，按照法律來說和尚、醫生和音樂家都沒有秀才功名，如沒有官府發的函照，無故闖入京城就已經犯罪。
當然這些事情到了萬歷年間早已經沒人管，更何況沈鯉是堂堂閣老，家里面收留幾個山人根本不算事情。
可是黨爭一來，所有陳規自然被無視，浙黨上綱上線一口咬定三人和妖書案有關，直接把那醫生與和尚抓進獄中嚴刑拷打。
所以別說東林黨上位之后對三黨趕盡殺絕，三黨對付東林黨的手段也絲毫不留情。
要知道沈鯉收留的和尚并非無名之輩，這和尚是此時東南禪宗大佬，名列明代四大高僧之一的紫柏真可大師。
紫柏真可和尚給萬歷皇帝和此時的慈圣皇太后都講過經，但是牽扯到黨爭之中，哪怕他的名聲再大也逃不過。
沈一貫為了讓紫柏真可供認郭正域等人和妖書案有涉，驅使浙黨官員將紫柏真可抓進獄中嚴刑拷打。
但是紫柏真可不愿意誣陷旁人死不松口，最終浙黨也沒辦法，只能將他放出，而這時紫柏真可已經半死不活，一代高僧從獄中放出不久后就在京城圓寂。
接下來東廠、錦衣衛、三法司開始查明妖書的來源，根本一頭霧水，浙黨讓他們去審問郭正域，但是一連審了五天都不能定案，就為這點破事，整個京城都亂套了，內閣的事物也沒人管，經中言官分了黨派互相攻擊。