就在江南物理社開會的同時，第二次妖書案在京城之中已經鬧得風雨飄搖，東林黨人誣告浙黨想把寫妖書的罪名歸罪于沈一貫的黨羽，浙黨僥幸挺過一關，于是展開報復，想要把妖書案的罪名歸到東林黨郭正域頭上。
現在浙黨進攻，想讓嫌疑人皦生光說出不利于東林黨的口供，每天一打，甚至把皦生光的老婆、妾室、孩子全部抓去審訊。
皦生光的兒子才十歲，浙黨官員依舊對他審訊，以針刺其手指，非要他供出郭正域。
浙黨已經不是想要詢問出結果，而是拿著預設結果找證據。
皦生光一開始害怕，但慢慢卻已經被打出了骨氣，他知道自己活不了了，甚至全家人都要完蛋，咬牙想要報復，哪怕已經被打的不成人樣，但就是不肯按浙黨的要求污蔑東林黨人。
而越是如此浙黨越是覺得再打幾頓就能得到突破。
而郭正域曾任東宮講官，太監表示朱常洛在東宮常常哭泣詢問“為什么要殺我的好講官”
朱常洛已經二十一歲了，當然不是什么幼稚的哭包，他這行為就是為東林黨站隊，東林黨一脈在爭國本中全都極力保護朱常洛的皇太子地位，皇太子不能不做政治表示。
而妖書案帶來的黨爭已經實際影響到朝廷運作，內閣的三位閣老都已經被列入懷疑名單，幾個月間錦衣衛、東廠、三法司都在接連審訊抓人，朝廷上下早就沒有人用心干活，都在關心黨爭之事。
萬歷也不得不出手了。
萬歷先是為了向天下人表示自己沒有廢立之心，專門跑到啟祥宮召見皇太子朱常洛，抓著朱常洛的手“慈愛教訓”“爾之純善孝友，我亦知之爾宜安心讀書，勿存驚懼。”
接著又罷免了在妖書案之中羅織兩黨罪名的一批錦衣衛官員和朝臣，甚至吏部尚書李戴因為在這次妖書案之中站隊太明顯，也直接被萬歷勒令退休離任。
這可是尚書級別的官員，萬歷皇帝壓制黨爭的意思已經非常強，可是這場大黨爭中浙黨和東林都覺得自己受盡委屈，滿心怨氣，哪有這么容易就結束
當天晚上方從哲來到寺院禪房找到王文龍，他先勸和道“今日沈云將說話直硬了一些，那也是因為他心中有怨氣，并非針對建陽，還請建陽不要怪他。”
王文龍點頭道“我本來也不想對時局過多發表議論，只不過是擔心著物理社中的事情，有些意見相左也是自然，只怕云將怪我，我心中是不有芥蒂的。”
方從哲笑著說“我過去看建陽文字就知道建陽是大度之人，果然不錯。”
他說著便將一張書法拿出，攤開在書案上，王文龍就見那紙上寫著四個遒勁有力的大字天地一理。
這四個字非常符合物理學追求天地真理的思想。
方從哲道“這是我專門為咱們物理社所寫，還請建陽收下。”
王文龍看著這漂亮的書法笑著說道“方相公用心了，物理社今年要開講堂，我正好找人去將這字刻成牌匾，掛到物理社的講堂上去。”
方從哲的大字天下有名，寫大字和作小字書法不同，非但要精力，還需要相當的體力，這幾個字得費不少時間。
方從哲起初無黨無派，之所以能夠得到浙黨和東林黨葉向高支持，就是因為他這調和鼎鼐處處用心的性格。
方從哲當年擔任國子監司業、祭酒本就門生眾多，性格又如此之好，自然結交下相當多人物，歷史之中不光是東林黨和浙黨，就連齊黨領袖亓詩教也一同推舉方從哲入閣。
不過面對萬歷朝后期黨爭的泥潭，方從哲雖然力求公允，但是也不得不加入黨派力量來保護自身，同時還要干不少勉力維持的和稀泥事情。