為了再度掌握政治的主導權，長州的態度愈發蒙上了激進的色彩。
文久二年18628月初，恰逢島津久光提兵親上江戶，不在京都之時，長州藩藩主毛利敬親表現出強硬態勢。
他迎合朝廷，提倡極端攘夷論，主張“長州支持朝廷”。
如此一來，之前看似被島津久光驅逐或剿滅的志士，和那些隱藏起來的攘夷派下級武士和浪人們，都認為“迎來了一位英明的主人”。
于是他們聚集在京都，與長州的武士們建立聯系，整個京都都充斥著尊王攘夷的呼聲。
一個多月前以薩摩為中心、在公武合體論上達成一致的京都，轉眼間發生了大逆轉，以長州為中心的尊王攘夷論開始逐漸流傳開來。
島津久光于閏8月7日回到京都。
是時，以長州為中心的攘夷論者不斷擴張，人們都支持這種主張。
此前被壓抑的京都町狀況突然發生180度的轉變，島津久光對此深感震驚。
然而再次壓制當下的局面已經十分困難。
而且島津久光認為幕府已經接受了自己的所有條件，不久之后京都的局面就會轉好，因此也就暫且不管京都的情況了。
閏8月23日，他離開京都返回薩摩之后的事態變化證明了他此時的想法錯得有多離譜。
備受“一橋派”推崇的一橋慶喜和松平春岳，還是有點本事的。
他們在分別就任將軍輔佐和政事總裁之后，以雷厲風行的速度主導、開展了一系列的改革措施。
一，為了凸顯朝廷的威嚴，廢棄了過去將和宮稱為“將軍御臺所”的規定，而直接稱其為“和宮”。
二，過去由幕府任命的京都御所的九門警備轉而聽命于朝廷，也就是說，朝廷在沒有幕府許可的情況下，也可以動用駐扎在京都的薩摩、長州等警備力量。
三，由于大名們提出每兩年前往江戶參覲交代有些經費緊張，于是改為每三年一次。
另外，此時已無必要再勉強諸位藩主將妻子兒女作為人質留在江戶藩邸，因此便讓他們各回各藩去了。
此外，還廢棄了諸多幕府為展示威嚴而特意設置的繁文縟節。
江戶這邊穩步地展開著諸多改革措施，反觀京都方面愈來愈混亂。
長州藩旗幟鮮明地宣布支持尊王攘夷運動之后，尊攘志士、想要渾水摸魚撈上一筆的爛人、“公武合體派”的探子一窩蜂地涌進京都。
殘酷的刺殺行動，連日連夜地在京都的大街小巷不斷發生。
薩摩藩的田中新兵衛、中村半次郎；土佐藩的岡田以藏；肥后藩的河上彥齋等“尊王攘夷派”的杰出劍客們，四處刺殺“公武合體派”的支持者。
文久二年18627月20日，九條家的島田左近被殺害，首級曝于四條河原。刺殺者據說是示現流高手田中新兵衛。
這是一個開端。
由此，刺殺“公武合體派”與開國派人士的暴行不斷出現。
8月27日，井伊直弼的心腹長野主膳被殺害。
閏8月20日，越后的攘夷論者本間精一郎討好公家，收斂金錢，因這一背叛行為，他也慘遭毒殺，被田中新兵衛和岡田以藏所殺。
閏8月29日，在安政大獄中負責押送攘夷論者的捕吏文吉被岡田以藏絞殺。