董卓留下牛輔、李傕、郭汜、張濟、董越等人布放在三輔各地，阻擋孫堅繼續西進。
初平二年191年四月，太師董卓入長安，號曰尚父。董卓乘坐青蓋金華車，爪畫兩轓，時人號曰“竿摩車”。
入城時，公卿皆迎拜車下，御史中丞皇甫嵩也在跪拜迎接之列。
董卓抵手呼皇甫嵩字曰“義真，懼吾乎”
皇甫嵩回答“明公以德輔朝廷，大慶方至，何懼之有若淫刑以逞，將天下皆懼，豈獨嵩乎”
董卓的幕僚為了討好彼，提出董卓可比姜尚姜子牙，當稱“尚父”。董卓向蔡邕求教，蔡邕則勸說董卓需要等到平定天下叛亂，返回洛陽后才能討論，董卓聽從。
董卓在長安城東開始修筑堡壘自居住，又調集數萬勞力在自已封侯之地司隸右扶風郡郿縣啟動修筑塢堡。
塢堡設計高厚七丈，與長安城相等，號曰“萬歲塢”，世人又稱“郿塢”。
數月后，郿塢里初建成，里面存放大量搜刮來的財寶，并屯有三十年糧食儲備。董卓自己說“事成，則雄據天下不成，守此足以過一生。”
一日，董卓出長安去郿塢，公卿大臣到長安城橫門橫音光外為其送行。
董卓立帳幔擺飲設款待眾人，卻在宴席上將數百名誘降來的北地郡叛軍士兵虐殺。先斷其舌，次斬手足，再鑿其眼目，以鑊煮之。
宴會上的人嚇得戰栗，勺子、筷子都掉了，而董卓依然飲食自若。
下屬將領如果言語有冒犯董卓的，馬上就會當場處死，董卓又以叛逆的罪名誅殺了一些關中舊族。
聞西河太守崔鈞參與盟軍，董卓于是收崔鈞父前太尉崔烈入郿塢牢獄，鋃鐺鐵鎖錮之。
聯軍、馬騰、盟軍都與崔鈞聯絡，崔鈞夾在白馬銅和白波軍之間，又忌憚被關押的父親性命而不敢作為，只固守離石縣縣城。
不少三輔望族向益州逃亡，投奔劉焉。
庶民不用董卓小錢，錢幣崩潰，市場紊亂，物價飛漲，三輔民不聊生。
董卓調長水校尉沮俊管宮中侍衛。
調京兆尹常洽轉任長水校尉，臨晉侯楊彪從少府轉太常，因病罷免，出任京兆尹，不久，又轉光祿勛、光祿大夫。董卓最后選司隸京兆人金尚出任京兆尹。
董卓不想讓蓋勛長期掌禁軍，潁川太守李旻被擒殺后，改越騎校尉蓋勛出任潁川太守，去任的路上又招回。
蓋勛重回到長安，越騎校尉一職已給了王頎，潁川太守一職給了呂布，蓋勛重新任議郎。
蓋勛雖強直不屈，而內心厭惡董卓，甚不得意。五月，蓋勛背部發疽病逝，享年五十一歲。
蓋勛臨死前立遺囑不接受董卓的任何饋贈，董卓則為了向眾人展示自己的寬容，上書請朝廷贈送喪禮用品，陪葬于安陵。
安陵為前漢朝第二任皇帝惠帝劉盈的寢陵，劉盈乃漢高帝劉邦和漢高后呂雉嫡長子。
從前朝到本朝，得享在安陵陪葬的還有魯元公主、張敖、陳平、張蒼、袁盎、揚雄。張敖乃趙王張耳之子。魯元公主乃劉盈同母親妹，張敖妻。
六月二十三日公元191年8月1日，長安發生地震，董卓向蔡邕詢問應對，蔡邕趁機勸說董卓放棄乘坐青蓋金華車，董卓聽從，改成“皂蓋車”。
董卓非常看重蔡邕的才學，十分厚待，每次有宴會，都會令蔡邕彈琴、主持，蔡邕都會努力匡正董卓的言行，董卓卻很少采納，蔡邕也覺得非常遺憾。
董卓入關去長安，留河南尹朱儁守洛陽，孫堅占洛陽后撤回魯陽，而朱儁暗與盟軍山東諸將通謀，又懼怕為董卓兵馬襲擊，于是沿孫堅撤軍路線出奔荊州。
董卓以弘農郡華陰縣楊家人楊懿為河南尹朱儁得南陽袁術補給后復引兵還洛陽，擊楊懿和洛陽令諸于，楊懿和諸于逃回長安。