六月十六日，聯軍探部送來特急信報，李傕等攻陷長安。成公英等得到田敏通知聚到督護府和韓遂一同看信報。
五月十日公元192年6月7日，朝廷大赦天下。
夏四月，百萬青州黃巾軍殺入兗州，殺任城相鄭遂。消息傳到長安，王允以荀攸出任任城國國相，但道路阻斷，無法就任。于是轉任蜀郡太守，據信荀攸前往荊州，等待機會從荊州進入益州。
在長安的大臣覺得，王允做為誅殺董卓的首功之臣，天天得到朝廷嘉賞、聽聞大臣稱贊，顯然飄然起來，似乎對任何人、事毫不在意了。
每當群臣集會，王允很少像以前那樣和眾臣推心置腹、共商國事，而是正襟危坐，面無和悅之色，擺出一付宰相官架子。
群臣漸漸也不再像從前那樣推崇和擁護王允了。
最讓士人寒心的是蔡邕之死。
董卓被殺，蔡邕發出一聲嘆息，王允勃然大怒，嚴厲指責蔡邕，不容分辯，立即將蔡邕押至廷尉處問罪。
蔡邕有口難辯，為續寫漢史，便陳辭謝罪，自愿承受刺劍削足的酷刑以保全余生。士大夫們設法營救蔡邕，毫無效果。
太尉馬日磾替蔡邕說情，王允根本不聽勸告，蔡邕最后冤死獄中。
之后，文武百官和士大夫對蔡邕的死議論紛紛，王允這才真正明白蔡邕的確罪不及死，后悔莫及。
大臣們覺得王允在如何安排和處理董卓舊部上極不慎重，反復無常。
彼先是想全部赦免董卓的部下，呂布也多次相勸，可繼而王允又對群臣解釋道“本來，彼等是沒有罪的，只是身不由己，跟隨董卓，所以不得已聽從董卓差遣，犯了錯誤。現在如果給彼等突然加上惡逆的罪名，再特定赦免之，恐怕反而使之猜疑恐懼，心理承受不了。所以，赦免彼等無罪不是使之安心的上上之策，還不如讓彼等承受懲罰。”
呂布提議把董卓的財物賞賜公卿、將校，以穩人心，王允又不準。
王允平日卻看不起呂布，以劍客對待彼。呂布也認為自己有蓋世功勞，自吹自擂，當然得不到王允好臉相待。
朝臣都看得出呂布甚為不得意，視王允目光已不似從前那樣仰敬了。
五月二十日公元192年6月17日，朝廷任命征西將軍皇甫嵩為車騎將軍。
有人向司徒王允建議派皇甫嵩統領董卓舊部，并長期留駐弘農郡陜縣進行安撫。
王允堅決反對“這樣絕對不行，關東兵是反董卓的義兵，與我們是同一條路線。現在董卓已死，如果繼續把董卓舊部屯駐在險惡之地，雖然安撫了涼州兵，但是關東兵將領會疑心吾等不重視彼。”
內線人說，在選擇涼州兵和關東兵的事上，身為并州人的王允絕不會答應成為涼州兵的領袖，意在削奪涼州籍將領兵權，解散大部分涼州兵，重用并州和關東兵將。
董卓被殺，牛輔、董越亦已死去，王允清算董卓余黨。當時李傕、郭汜、張濟等人心懷不安，都打算解散部隊各自逃歸家鄉，又怕仍得不到赦免。
討虜校尉賈詡對李傕說“聽長安人議論說欲誅盡涼州人，各位如果棄軍單行，則一個小小的亭長就能抓住爾等了。不如率軍西進，攻打長安，為董太師報仇。事情如果成功了，則奉國家以正天下如果不成功，再逃走也不遲。”
李傕等人采納了賈詡的建議，到處散布說“朝廷不赦免吾等，吾等應當拼死作戰。如果攻克長安，則可以得到天下攻不下，則搶奪三輔的婦女財物，西歸故鄉，還可以保命。”部下紛紛響應。