高拱當場質疑徐階不負責任的行為，發出異議“不能開這個恭請圣裁的先例。在先朝遇事不決請上裁，是因為先帝經久執政，通達國體；而今上即位這才幾天，怎么可能知道群臣誰賢誰不肖讓皇上自己裁定，皇上卻該如何判斷恐怕只能詢問身邊的人。長此以往，天下大事就可能會被宵小劫持了。”
徐階立刻黑了臉，認為高拱純粹無理取鬧，凡事非要與自己對著干才高興。在言官們的支持下，徐階再一次勝利，最終還是請了“上裁”。而高拱和徐階的矛盾，也更加地公開化，朝廷上下無人不曉。由于徐階的威望和影響力，再加上他不得罪人，而高拱則一門心思維護自己皇帝學生的，因此輿論都傾向于指責高拱擅權，破壞內閣秩序。
像這樣的矛盾在高拱當初第一次入閣的近一年時間里，在徐、高二人之間幾乎不間斷地上演。只是由于新朝初始的不穩定狀態，使得這些事情所牽動的氣氛愈發微妙。時人黃景昉有評論說“高拱任怨，徐階專任恩，二者的傾軋皆由此而起。”該評價可謂中肯。
徐階的圓滑與高拱的直率，形成了鮮明的對比，且都是些不可調和的矛盾。二人對國事的用心程度，也完全不在一個層次上。徐階兼顧各方利益，尤其小心謹慎，首要目的是明哲保身，在圓滑處理事件的基礎上始終先讓自己立于不敗之地；而高拱則往往就事論事，心無旁騖，為此甚至不在乎與任何人結怨。
說到底，徐階在乎的是官位名利，高拱在乎的是天下大業。
后來因為京察，連帶著爆發了胡應嘉案，一番龍爭虎斗之后，“滿朝倒拱”，高拱狼狽下野，而徐階最終也失去圣心，致仕歸鄉。
而高拱此番起復，首先就推翻了“恤錄先朝建言諸臣”。當初徐階在草擬的嘉靖遺詔中，對嘉靖在位四十五年間因敢于直言而被革職、充軍、下獄和論死的大臣平反昭雪，這里頭牽涉到的是一大批人，得不得民心不好說，但肯定是一件極得官心的大好事。
但高拱一回京，立刻就將此推翻了。高拱的理由是這些臣子的“罪”，都是先帝嘉靖定的。先帝定的案能翻嗎不能，因為如果這些人都平反昭雪，那不就明擺著是先帝錯了嗎這還得了
一句話，你徐階的這個做法“有妨于圣德”，同時評價徐階“不以忠孝事君，務行私臆”、“歸過先帝”。這一招當然十分兇狠，在張居正看來，屬于是欲置徐階于死地。幸好隆慶這次頗有主見，只是同意了對獲罪諸臣不可“不加甄別，盡行恤錄”，而沒有直接動徐階。
但旨意雖然這么說，實際上還是推翻了遺詔，對建言獲罪的大臣們平反昭雪之事，也就隨之無疾而終，有望重見天日的幾百戶家庭，又入苦海。這里頭還牽連到一個人，這個人是大文豪王世貞的父親。結果嘛歷史上王世貞寫嘉靖以來首輔傳，其中肆意詆毀和丑化高拱，但凡高拱有功之處，要么一筆帶過，要么“烏足道也”，而只要曾有對高拱不利的傳言，卻一條條清晰記錄并大加闡發。
因為王世貞在文壇的歷史地位，這首輔傳偏偏成為后世研究這段歷史的重要資料高拱的名聲在后世之所以壞了那么多年，直到差不多改革開放之后才被一些學者慢慢翻案，原因就出在這里。
馮保眼見得張居正面沉如水，目光中甚至不自覺地流露出一絲殺機，心中暗暗得意，再次補刀“太岳相公，前些日子高胡子放出風來，說什么與華亭公當年不過是一點小小的私人過節，這話你是當事人，總不會相信而且據我手底下的番子打探，前幾日，他還在家中夜會了在京的學生們，其中四位科道官你猜他高胡子是想做什么”
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