至于后來他與戚繼光的關系，當然肯定是與平倭有關。
嘉靖三十四年，倭寇屢犯東南沿海一帶，燒殺搶掠，無惡不作。朝廷下詔調時任山東都指揮僉事的戚繼光任浙江都司僉書，次年升任參將，鎮守寧波、紹興、臺州三郡，備倭浙江。此時，谷中虛已任浙江按察使，兩位山東老鄉于是便有了共事的機會。
谷中虛不同于某些文官，他自認文官負責糧餉和軍備理所應當，而軍務則該以武臣為主，非萬不得已不該干涉。
由于公務之便，谷中虛多次至戚繼光軍營探望，并與戚繼光就一些軍事部署、剿除方略等事促膝探討。其時，谷中虛對江浙一帶風土民情更為熟悉，當戚繼光為兵力不足之事傷透腦筋之時，谷中虛精辟地指出義烏等地民風彪悍，或能組成一支強力的軍隊。
嘉靖三十八年，戚繼光在谷中虛的鼎力支持下，從浙江金華、義烏等地招募民眾近四千人，采用營、官、哨、隊四級編制方法編成新型軍隊。隊是基本戰斗單位，隊員按年齡、體能分別配備不同的兵器，作戰時，全隊隊員各用其所長，配合作戰，攻守兼備，進退靈活，這種戰斗隊形能分能合，人稱“鴛鴦陣”。經過戚繼光的嚴格訓練，這只新軍隊伍很快成為軍事勁旅，人稱“戚家軍”。
所以這么算起來，谷中虛幾乎也可以算是這只軍隊的構建者之一，而戚繼光也對當初谷中虛的支持頗為感激。
當然，這里面有一個的身影很重要，就是譚綸。當時的譚綸，地位一直略高于谷中虛，因此，谷中虛歷來被看做是譚綸一派，不過事實上他們只能算盟友。
隆慶元年，谷中虛被任命為浙江巡撫。浙江省寧波鎮海，塘控扼海門、屏障東浙，地理位置更是險要。谷中虛稱之為“斯浙東之保障、蓋猶之西陵虎牢也”，后人又譽為“東南屏翰無雙地，萬里海疆第一關”。故谷中虛在此嚴兵駐守，構筑堅壘，以抗倭寇。
為防止倭寇侵犯鎮海，谷中虛事先摸清倭寇活動規律，嚴格訓練兵士，整頓防守，并親自趕赴海疆，整飭武器裝備，創設外洋水兵，增派戰艦巡邏海域，使倭寇無隙可乘，沿海民眾賴以安居，谷中虛在此事上實有大功。
谷中虛在浙江年久，且作為浙江巡撫三年考滿，這次正巧調任湖廣，因此高務實之前悄悄給高拱出了個主意，讓張居正出面，請譚綸代為轉告谷中虛，希望谷中虛上疏推薦劉顯去貴州嗯，這個關系看起來有點亂，但大明的體系和派系關系就是這么復雜。讓高拱和張居正直接舉薦劉顯，完全沒有必要區區一個總兵，而且是內地總兵，實在輪不到這兩位大佬親自跳出來，譚綸身為薊遼總督，舉薦一個內地總兵也沒有名義，所以才拐彎抹角地找谷中虛。
但劉綎這時候卻有些不理解地提了個問題“高公子，你方才說，這位谷中丞剛從浙江巡撫調任湖廣巡撫他既然是湖廣巡撫，怎么越境舉薦起貴州總兵來了，就不怕越權么”
高務實還沒有答話，劉顯已經瞪了他一眼“我叫你平時不要只知道練武，就是不肯聽，現在又給為父出丑賣乖幸好高公子不是外人，否則你看老子打不打你”
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