當阿克巴大帝發現無法順利擊敗南疆軍而暫時退回阿格拉修整之后，皇帝派出的無數密使開始來往于這些孟加拉偏僻地區。他們聯絡到了大大小小各路“扎米納德”，勸說他們為了帝國與他們自身的利益反對南疆軍的占領。
這并不困難，因為“扎米納德”可以藉由帝國的制度享有政治、經濟、軍事方面的種種特權，而這些特權卻不是南疆軍能給予的至少高務實目前并未給高淵、劉馨這樣大的自由裁量權。
這樣一來，除了幾座大城市之外，南疆軍對孟加拉的占領就逐漸陷入被動。不多時，各地就開始上演“處處狼煙”的戲碼。雖說這些反對者的力量單獨來看都不算大，可正如蒼蠅多了一樣，雖然無法對人直接造成嚴重傷害，卻能十足的惡心你。
南疆軍從一開始習慣于出動協級規模的平叛軍，逐漸降低到標，然后降低到營，最后降低到連也就是從出動數千到出動千余，再降低到出動三百，最后竟然開始每次只出動百余人。
不過，雖然單支平叛兵力一降再降，可是出動的次數卻是日益增多。以至于曾有一日，劉馨在一天之內批準出動了五十三支平叛部隊，搞得她不厭其煩，最后只能將此權力臨時下放，由標一級的指揮主官也就是標統來決定。
按照這一臨時規定，除非發現此次叛亂者擁眾過萬，否則不必上報遠征軍司令部，由各部隊按照駐地或臨時戰區轄地原則自行解決。
終于空出時間來的劉馨并沒有就此清閑下來，她的工作是所有人中最為繁忙的，一方面是以副司令身份實際主管軍務，一方面又因為是“秘書長親臨戰區”，毫無疑問地也得負責其他政務，真個是“上馬管軍，下馬管民”了。
這一日，她正在查看最新上報的莫臥兒帝國軍事制度簡報。這份簡報不同于以往細作們東一言西一語的報告，它比較詳細的歸納匯總了莫臥兒的軍事制度，然后還考慮到了遠征軍高層事務繁忙的問題，另外給了一份簡要概述。
這份概述很符合劉馨此刻的需求，因為她確實太忙了。根據這份簡報概述，內務部間諜司歸納了莫臥兒帝國軍事制度的幾個關鍵特點
其一，馬尼普軍制。馬尼普軍制是莫臥兒帝國軍事組織的核心。在這一制度下，皇帝任命軍官為馬尼普，授予他們一定的軍銜和土地稱為“伊克塔”或“扎米”。馬尼普的職責是招募和維持一定數量的士兵，并在戰時帶領他們作戰。士兵的數量和質量會直接關系到馬尼普的軍銜和收入。
內務部間諜司分析認為這種制度確保了莫臥兒皇帝能夠迅速動員大量軍隊，且這些軍隊還擁有相對不錯的軍事素質。
其二，軍事種姓制度。莫臥兒帝國的軍隊中，高等級的軍官通常來自拉杰普特等傳統的戰士種姓。這些軍官因其軍事技能和家族背景而受到尊重。他們的忠誠和勇氣是帝國軍事力量的重要組成部分。
內務部間諜司分析認為這一制度某種程度上類似于明軍將領的親兵家丁制，只不過在這里，“將領”是莫臥兒皇帝，“家丁”則是這些戰士種姓出身的人。
其三，雇傭軍。間諜司通過打探和匯總情報，發現除了本土士兵外，莫臥兒帝國還廣泛使用雇傭軍。其中最著名的是來自中亞的突厥人和阿富汗的帕坦人，他們在帝國的騎兵部隊中占據重要地位。此外，皇帝阿克巴還建立了一支由非洲奴隸組成的精銳步兵部隊，稱為“巴克特什”。