在行省逐漸成熟之后，下設的州縣也漸漸鋪開，并且和南衙各衛一樣，逐漸與軍府合并。
軍府最早是各衛下屬的征兵訓練機構，由于紫帳汗國早年就沒有專業的行政機關，所以軍府與各衛一樣，既管軍，也管民。
最早，紫帳汗國的南衙兵，其實就是農莊衛隊。汗廷命令各個農莊的居民，按比例登記“軍戶”。有些地方是八家，有些地方是十家，編成一組，每組供養一個軍戶。
汗廷的第一批武器，是找威尼斯奸商買的第一批盔甲，是伯顏帖木兒跑去金帳汗廷，找月即別汗死皮賴臉求來的。隨著屯墾規模擴大，投奔的人增加，這點武器裝備根本不夠用，大家只能自己想辦法。
軍戶需要自備武器，所以理論應該由組里最有錢的人充當。就像歐洲同行那樣，騎士負責自備武器和戰馬，村民們則稅收養活他。
問題是，紫帳當時那個情況，大家基本都差不多窮，組里的“富人”，其實條件也就那樣，還是得靠鄉親們幫襯。大家你湊個胸甲，我湊把斧頭，盡量堆起來一身。所以，有時候，干脆就不去選富戶了，還不如組里自己選個最能打的，然后眾人按條件給他湊裝備。
當時，紫帳控制區連個鐵礦都沒有，什么金屬物件都得買，卻又沒什么錢。還是當時的北帳牧民，在膽大的也先不花太師帶領下，冒充金帳軍隊，騙了一支熱那亞商船隊，偷來好幾船鐵，這才有了起步的物資。
也是因為如此，“南北戰爭”的時候，雖然貴人們對立嚴重，但很多基層軍官和士兵，卻天天念叨“第一船鐵”的情分，要求不追究對面被裹挾的普通人。畢竟，他們也確實多次并肩戰斗過。
等到汗廷打贏了幾場仗，吞并了一些周圍小貴族，物資也充足了些，這種介于元明軍戶和東羅馬農兵之間的制度，就顯得不太夠用了。
汗廷希望組織起更多的士兵加入戰爭，至少也要接受訓練，能夠在精銳士兵出征后自保。于是，李天英、李天策兄弟，受命進行改革，模仿古代制度，逐漸廢除了軍戶和農戶之間的區別，代以通用的“國人”身份，希臘人則稱之為“公民”。后來，由于大多數士兵都是當地人，后者成了正式的稱呼。
這些公民士兵，平時都在莊園里勞作，戰時就組織起來，按需求抽調人員出戰，其余人則負責防衛和照顧農莊。理論，一百戶人家組成一個莊園，自己選舉出一名百戶長，一般也可以簡稱百戶。
戰時的人員編排、戰利品的分配、平時的勞動協作，都以這種百戶為單位，在百戶長的主持下，由莊園公民自己安排。由于征戰頻繁，很多時候，也會有一名助理百戶，負責輪流在對方不在時，維持莊園的管理。
紫帳汗國的軍事壓力很大，開墾和耕種的勞作強度也同樣不低，所以，莊園內的居民必須通力協作。
如果有人在其他人出征時，不好好照顧人家的田地，下次就很難再找到人出征如果有人在自己應征時，不信任留守的同伴，那軍心也很難保證。而這樣的結果，很明顯都會影響軍隊的戰斗力。