當地希臘人也進行過多次反抗。他們甚至打出過恢復羅馬的旗號，并且得到了尼西亞帝國和教會的支持。東正教會把島民的反抗，定性為神圣的戰爭，尼西亞帝國也派出了援軍，一度收復了大部分島嶼。但是，關鍵時刻，島上的希臘豪族卻為了分贓開始內訌。一些人甚至主動投靠威尼斯，以保全更多利益。尼西亞王朝被巴列奧略家族篡奪之后，后續的支援也不復存在。島上希臘人組織的反抗，就此沉寂下來。
然而，此后，克里特又爆發了土生威尼斯人組織的大叛亂。對威尼斯統治造成的危害，完全不遜于之前的希臘人起義。
原來，盡管有重重限制，但因為希臘人的反抗太激烈，殖民當局還是被迫放開了一些口子，以求拉攏中上層的希臘人，允許他們加入統治階層，乃至獲得采邑。而遷徙來的威尼斯人，即使被這么嚴厲地約束，還是很快希臘化了。他們學會了當地語言，甚至開始模仿希臘式的裝扮，用希臘語進行文學創作。在這邊的藝術家，也開辟出了新的繪畫風格。和本土威尼斯人，還是有了文化上的差別。
更嚴重的是，本土威尼斯也鄙視這些土生威尼斯人，把他們當做二等公民。這種現象，也算是所有殖民地區的老問題，根本沒法解決。當地威尼斯人自然對此不滿。
1363年的時候，島上的威尼斯人了解到，本土元老院準備對克里特殖民地加征一種稅收，用來維護港口。大家對此十分抗拒，于是找到公爵，要求他進行抗訴。然而公爵拒絕了這個要求，最終引爆了憤怒的情緒。
本土威尼斯人立刻聯合了希臘人，進行武裝叛亂，以當地希臘人崇拜的圣人、圣提多作為自己的標志，宣布脫離威尼斯，建立新的圣提多共和國。甚至還派出使者，與大陸上的希臘人，以及熱那亞進行聯絡，以得到他們的支持。
威尼斯人只能竭力鎮壓，為此投入大量資源，雇來了北意大利的弩手和英格蘭的長弓手們。他們還設法買通教宗，把這次行動說是十字軍，以此獲得更多錢財投入，并且借此機會，從小亞雇傭了大批擅長騎射的突厥輕騎兵加入十字軍。這樣一來，也就消除了抗克里特人的弓箭手優勢。
就這樣，戰斗還是持續了足有四年。威尼斯人被迫在眾多區域進行堅壁清野，以限制游擊隊行動，并且花巨資買通動搖的人，懸賞叛軍骨干。雖然最后取得了勝利，但這些反抗的人，本來就是威尼斯在當地經營的根基。因此，他們的統治也遭到了重創，后續只能繼續一邊鎮壓，一邊加大力度收買和分化，無法再保持和之前一樣的利潤率了。
郭康認為，像這種情況，肯定會反復發生的，所以反而不要相信敵人吹噓的宗教壁壘。和敵人同屬一個教派的人，也一樣可以進行拉攏。他建議朱文奎問問唐賽兒，把細節交給她定奪就行。因為他相信，唐賽兒對此，也肯定能領悟的。</p>