蕭云就這么帶著人加入了nerv，而且在nerv的整個地下基地之中被分配給了一個獨立的區域。
nerv的地下基地遠要比想象中的更大，基地也并非只有那個金字塔一樣的建筑，昏昏沉沉的下世界里哪怕有陽光的引入看上去極為明媚，但在這樣的一個空間中還是會讓人有種壓抑的感覺。
蕭云被分配到的駐扎生活區域位于地下湖畔的附近，環境很好的一棟八層樓房，名義上屬于nerv但蕭云卻知道碇源堂擺明了就是把這地方丟給他隨便怎么搞，只要他能做到未經允許不進入金字塔一樣的總部就好。
至于初號機則是被收了回去，那核心被初號機吃下也讓初號機像是陷入了某種休眠再無反應，不過就以蕭云最后得到的信息來看初號機在吃下了核心之后得到了很大的好處，只要使用得當就算不插電源也能夠保持長時間的行動，就是那小雞翅膀蕭云沒搞明白是個什么情況。
至于初號機的身體里自生出來的靈魂就是個傻子，白得跟一張白紙一樣除了擁有本能之外其他什么都沒有，弱小乏力除了瞎吼吼之外啥也不能做，碇唯的靈魂也差不了多少一樣也只剩下了本能，被初號機自體影響得很嚴重而且同樣很脆弱，而且因為被初號機這樣的使徒之軀影響太久已經很不正常了。
說來也正常，要是碇唯的靈魂真要很強大那還要什么駕駛員，碇唯自己都能操作初號機這個軀體來對付使徒了，何至于只有碇真嗣遇見危險的時候初號機才能暴走而且還是那種瘋狂的狀況，現在搞明白初號機的身體內擁有兩個靈魂也就能說得通。
碇唯的靈魂僅是想要保護碇真嗣，而初號機自己的靈魂才是那種瘋狂的原始獸性吞噬和破壞一切。
不過現在這兩個靈魂的情況遠要比以前更糟糕，當然對于蕭云來說那肯定是好的，因為兩個靈魂已經被蕭云的geass賦與了特殊的印記。
蕭云住進nerv安排的樓房之后一連好些天碇源堂也沒問過，剛住進這個大樓的時候蕭云他們就對大樓徹底的檢查過一次，找出了里面那些亂七八糟的監視器全部丟在外面，然后碇源堂也沒出現在蕭云面前過，完全就是不管不問，但入職該有的東西也還是有的，每天也都有人會過來給蕭云他們這群人送東西。
碇源堂不希望蕭云他們過去那邊更多接觸到初號機，也不愿意讓蕭云了解更多有關于nerv的情況，卻根本無法阻止蕭云會派人天天過去，早就把nerv基地主建筑的情況乃至于整個地下空間的情況搞得一清二楚。
而且3號等人回來還告訴蕭云基地那邊的地板正在大幅度改造，各個走廊也在進行改造，似乎是在地面上安裝重力感應裝置，在墻壁上增加某種探測系統，初號機現在也天天都被檢查著，后面的小雞翅膀差點就被摘了，要不是初號機忽然出聲怒吼一副隨時暴走的樣子鎮住了nerv不然那對好不容易長出來的小雞翅膀就真沒了。
對此蕭云也不得不對碇源堂比個大拇指，這想法是真的妙啊，不過全都是白搭。
甭管裝什么只要是前端產物那就一定有控制系統，反饋系統等等東西，不處理這些裝置直接從終端控制一切，以nerv的防火墻技術還無法做到阻止他們的侵入，進進出出都這么多次了基地的主電腦早就被植入了量子病毒，不過nerv的電腦倒也有點意思，是一個由三部分所組成的人格模擬電腦，是一種將人類思維邏輯和模式植入的電腦系統。
不過在量子病毒和更高等級的科技面前依然沒有任何抵抗之力。
每天蕭云住的地方都有人來來往往，送這樣送那樣只要是蕭云這邊提出的需求都會盡量滿足，但誰都知道這不過只是隨時注意蕭云他們行動的一種方式而已，但依然也沒機會確認除了蕭云之外其他人的容貌，特別是零伊，零爾，零珊這三個異族女戰士，極少有摘下頭盔并且被其他人看見的機會。
除了這三個之外還有外面的零姒，零舞，五個名字是蕭云起的，12345簡單明了，她們五個和正常人類有著很大的不同，而且容貌艷麗不能輕易見人不然很容易出現問題。
碇源堂不知道在想什么，不過蕭云也樂于接受這種暫時的和平，反正他什么也不擔心只要使徒出現而綾波麗那個三無少女無法解決那遲早有求到他這里的時候。