碇源堂不愿意蕭云繼續駕駛初號機那不是理所當然，讓蕭云繼續駕駛初號機對戰使徒只會讓他的計劃越走越偏，現在雖然還沒有一個能夠完全限制蕭云的方法可將二號機調動過來也能減低nerv如今對蕭云以及初號機的依賴。
更何況原本將二號機調動過來本也就是碇源堂計劃中的事，就算沒有蕭云也同樣會有這個過程，只是現在稍稍提前了一些，因為相比起原劇情中的碇真嗣更加的難以控制。
現在初號機這種殺一個使徒吞一個使徒的行為讓碇源堂感覺非常的焦灼，使徒是要死的，但不應該是以這種被吞噬的方式去死，而且只要有可能碇源堂是絕對不希望蕭云再次進入初號機的駕駛艙。
碇源堂有自己的劇本，他身后的組織也有自己的劇本，可這所有的具備在蕭云出現的時候就全部亂了，在初號機吞噬第二個使徒核心后頭頂上出現的光圈就代表了初號機的覺醒，而這并不是兩個劇本之中的任何一個。
初號機覺醒了，很多人并不明白這其中的意義但碇源堂是明白的，但碇源堂不明白的是蕭云的靈魂為什么沒有被侵蝕，還像是個沒事人一樣，為什么初號機和蕭云組合會產生這么怪的變化，那種黑漆漆讓人感覺瘆人的at力場又是怎么回事，為什么只能由碇真嗣駕駛的機體能夠接受另外的人操作。
要是蕭云知道碇源堂認為初號機已經覺醒倒也肯定會認可，這是質變帶來的某種程度上的覺醒，和初號機一直同頻的蕭云能夠掌握這其中的一切變化，不過初號機這次的覺醒更像是吃多了有些拉肚子，和他亂吃東西的時候一樣樣的，想要平復下來還得緩緩，反正現在初號機是強了很多但要表現出那種堪比神一樣的統治級能力蕭云估摸著還有點做不到。
覺醒與否蕭云根本不在意，還不是沒腦子，除非……融入一個真正具備思維的靈魂的進去，不，不一定需要靈魂只要讓初號機融入一個具備思維能力的東西進去并且讓初號機融合，碇唯不行碇唯根本做不到完全的控制初號機，對初號機沒有主動控制權，但也沒有這么做的必要現在能聽懂話就夠了。
種種情況讓碇源堂如今已經十分忌憚蕭云，自然只能盡快從別的地方補充更多的戰力過來不再依靠初號機和蕭云的力量然后再去尋找這些問題的答案。
而且也要將加大力度尋找碇真嗣，其實碇源堂不是沒想過碇真嗣已經死了，可只要有希望那他就不會放棄更何況初號機中還有著碇唯的靈魂，若是碇真嗣死了初號機要么狂暴要么徹底沉默不應該會出現如今這樣的情況。
但有個最簡單的可能，人類之所以是人類那是因為人類沒有神一樣的力量，使徒再怎么無腦那也依然是神，碇唯哪怕融入初號機她的靈魂也是人類，而且是一個如今在蕭云影響下受到了初號機自體靈魂壓制的人類靈魂，就連初號機都無法感受到了一個人類是否還活著碇唯她憑什么在被壓制的情況下還能感受到碇真嗣是否已經死去，而只要蕭云告訴她碇真嗣還活著那也就是一句話的事，她也必然會務必堅定的相信碇真嗣還活著。
初號機和蕭云的同頻看似雙向但其實根本就是單方面的，是蕭云單方向的操控初號機，碇唯的靈魂也不可能通過同頻的方式從蕭云腦子里得到碇真嗣已經死去的消息，能夠得到的就只是無盡的黑暗侵蝕。
不過現在的初號機的情況和蕭云真的很像，整體都在逐漸變成和蕭云一樣的形狀，把現在的初號機說是蕭云的分身都不過份。
赤木律子和葛城美里聽到通訊中聽到蕭云很有自知之明的說出碇源堂不愿意他再接觸初號機，兩人的表情頓時也變得有些古怪。
蕭云看著兩人不說話接著就道：“沒事就這樣，律子博士拜托你的事情你盡快。”
“知道了，有什么消息我會通知你。”
平靜的日子還沒過去幾天，又一個使徒即將到來。