華人士兵侵襲騷擾當地居民不是偶然事件，在李明遠的嚴厲命令下，相繼發現五六起華人士兵違反軍紀事件。
隨著調查的深入，發現吸食鴉片的華人士兵有一千多人，而違反軍紀的士兵幾乎全部有吸食鴉片和其他的惡劣行為。
一支強大軍隊的塑造需要花費幾年時間，而混入部隊中的害蟲則很容易侵蝕軍隊的戰斗力，毀掉一支部隊。
千里之堤，毀于蟻穴，對于違反軍紀的士兵，李明遠沒有心慈手軟，指示劉樸按照軍法審理，該殺頭的殺頭，該懲罰的懲罰。
三天之內，被查出的一千三百名華人士兵有二百人被判處死刑。其他人等分別被判處不同年限的勞動改造。
審判決定出來后，很多部隊里的軍官找到劉樸求情，請求對這些士兵從輕發落。可是卻被劉樸一句“審判決議已經交由世子過目”打發走。
李明遠治軍嚴厲，而且劉樸的審判是以軍法為依據。如果他們敢向李明遠求情，肯定沒有好果子吃，因此，求情的軍官一個個偃旗息鼓，回去提醒手下士兵嚴格遵守軍紀，不要落在劉樸手里。
一次判處兩百多士兵死刑確實有些嚴厲，可是為了整頓部隊風氣，殺雞儆猴，李明遠不得不這樣做。
不加甄別地強迫華工加入軍隊，在華工面臨生死存亡的時候是不得已的選擇。
殲滅秘魯南部主力軍隊，和秘魯總統佩德羅達成交易后，李明遠已經認識到，
一支充斥著不同人等的部隊存在的缺點，那就是在部隊勝利的時候，整支隊伍可以凝聚為一個整體，
可是一旦遇到強大的敵人，隊伍很可能因為人心紛雜而分崩離析。
為了解決部隊存在的問題，一個月前，李明遠把部隊重新編組，整編后的野戰軍作為華人獨立軍的核心力量，戰斗力稍遜一籌的士兵則劃歸警備軍指揮。
令李明遠欣慰的是，這次被抓獲的士兵絕大部分是警備軍和后勤部隊的士兵，野戰軍只有五六個士兵因為喝酒耽擱了訓練被罰，這起碼證明了前段時間的部隊整編是成功的，編組起來的野戰軍士兵軍紀比警備軍強的多。
華人獨立軍現行的軍法沿襲太平軍軍法，對于很多士兵違反軍紀的問題界定不清，所以遇到不好判決的士兵違法問題，劉樸還要親自向李明遠請教。
“劉樸，現在的軍法漏洞和不合理的地方不少。你看這一條：士兵頂撞上官，當眾鞭刑十次。”處理完士兵違法問題，李明遠向劉樸指出一處軍法的不合理處。
“世子，軍隊之中上下等級分明，士兵頂撞上官施行鞭刑算不了嚴厲的處罰。以前在天國時，士兵頂撞上官還有直接被判處死刑。”
封建軍隊中，隨意體罰打殺士兵的現象很常見，李明遠要打造的是一支近代化的軍隊，所以必須要廢除落后的封建軍法。
“劉樸，我們的眼光要放長遠一些，
現在不是以前國內混戰爭奪天下的時候，西方列強軍事工業發展迅速，封建式的滿清軍隊在面對西方列強時不堪一擊，我們也要吸取教訓，不光要在武器裝備上追趕西方列強軍隊，在部隊管理上也要向他們學習，
師夷長技以制夷，對于華人獨立軍有好處的方面，我們要認真向列強學習，不能再拘泥于以前的認識。”
列強軍隊強大是有目共睹的事實，大部分華人和劉樸一樣認為洋人強大是因為他們武器裝備先進的因素，沒有考慮更深層次的原因。
“這里是我新編寫的軍法條例，你看看沒有問題的話就公布出去。”劉樸同