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佩德羅二世簽署退位詔書的消息擴散到皇宮之外，加西亞上將、埃貝爾中校、洛雷托男爵等部分保皇黨軍官察覺到，里約熱內盧城內的局勢已經無法逆轉，因此，以加西亞上將為首，幾支分散的保皇黨軍隊趁著城內混亂的時機，迅速聚集在一起，護送著巴西帝國皇儲伊莎貝拉公主和她的丈夫伊尤伯爵離開里約熱內盧，然后登上五艘保皇黨控制的軍艦，啟程前往巴西北部地區。…………
軍事政變發生后的第四天上午，共和派、民主派兩方聯合宣布建立共和政府，推舉豐塞卡為新政府臨時總統，共和派領袖莫拉伊斯為議會議長，佩紹托等參與政變的將領和政府官員則分別瓜分剩下的政府要職。
共和建立，莫拉伊斯第一時間拜訪英國駐巴西公使，承諾遵守巴西帝國時期與英國達成的一切政治經濟合作，共和政府的表態贏得了英國政府的認同與贊賞，作為回應，英國駐巴西公使奧斯頓宣布，英國政府尊重巴西人民的意愿，承認新政府的合法性，并且愿意與巴西政府就兩國的交流與合作，展開更加深入的溝通。
南美第一領土大國在幾天完成了政權的替換，隨著帝國首都政變成功的消息擴散到巴西全境，圣保羅州、巴拉那州、戈亞斯州等重要地區順利落入共和政府手中。
巴西海軍主要軍艦停靠在圣保羅和里約熱內盧兩地，加西亞上將逃離里約熱內盧的時候，利用海軍士兵們對伊莎貝拉公主的效忠，拉攏了兩艘鐵甲艦在內的五艘大型軍艦護送他們離開。
巴西海軍總共擁有五艘鐵甲艦，兩艘排水量總噸位達到7800噸的主力戰艦脫離編制，使得新成立的共和海軍戰斗力瞬間縮水一半。
海軍是高技術兵種，巴西海軍的中高層軍官百分之八十以上出身上層階級，因為佩德羅二世不合時宜的改革，大部分地主、貴族放棄了對他的支持，不過面對帝制統治的終結和政治權力遭受嚴重削弱的后果，約四成的海軍官兵選擇效忠帝國皇儲，期望跟隨伊莎貝拉公主打回里約熱內盧，奪回中央政府控制權。
巴西共和政府掌控海軍軍艦的行動不像掌控陸軍那般順利，1879年8月21日，300余名海軍官兵擅自離開軍港，駕駛兩艘中型護衛艦向北部海域駛去，8月23日，七名中層軍官策劃煽動海軍士兵控制剩余的三艘鐵甲艦投奔伊莎貝拉，結果被警覺的軍港守備司令發現，及時制止了他們的行動。
海軍人心浮動，主力軍艦噸位流失近一半，中下層軍官流失約七成，大踏步接收中部、南部各地區軍事控制權的共和派政府陡然間，遭遇到一個嚴重的挫折。
海軍實力的流失與削弱，一方面導致共和政府對海軍不信任態度的加劇，大量出身貴族家庭的海軍軍官被勒令禁止登上軍艦，剩余的三艘鐵甲艦和十余艘軍艦被集中到里約熱內盧軍港內，由豐塞卡派出的陸軍部隊嚴格把守港口炮臺和出入口，預防海軍投奔北方的事變再次發生。
另一方面，伊莎貝拉公主一行兩千余人抵達
巴伊亞州首府薩爾瓦多，憑借伊莎貝拉帝國皇儲的身份和加西亞上將、福羅伯特公爵、埃貝爾中校等保皇黨將領在軍隊中的影響力，駐守薩爾瓦多的一萬五千余中央軍宣誓效忠伊莎貝拉公主，此后，加西亞上將和福羅伯特公爵將跟隨伊莎貝拉公主從里約熱內盧逃脫出來的軍官分派到一萬五千名士兵中，對薩爾瓦多的軍隊進行重新改編。
8月22日，軍隊修整補充兩日，滯留薩爾瓦多城內的保皇黨軍隊快速擴增到兩萬五千人，當天中午，在福羅伯特公爵主持下，伊莎貝拉公主自行加冕巴西帝國女皇，對外宣稱共和政府為叛逆，號召巴西各地軍隊效忠帝國，消滅共和政府。
繼位大典上，伊莎貝拉女皇任命福羅伯特公爵為帝國首相，統理帝國政務，賜封加西亞為阿卡茹公爵，軍銜記提升為帝國元帥，擔任帝國陸軍總司令職務，賜封埃貝爾中校為帝國伯爵，同時晉升軍銜為少將，負責協助加西亞元帥管理軍隊。