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數千工程部隊士兵列隊下車，準備中途變換水路到本土南部的巴塔哥尼亞地區，繼續進行鐵道工程建設工作，而在大部分乘客下車之后，一群身著灰色秋冬軍裝、頭戴大檐帽的中高級軍官（南美的冬季在7、8、9月），在兩列士兵護衛下，走進車站。
中央十二部門改革重組涉及到軍方領導機構總參謀部，為此李明遠特地傳召海、陸兩軍主要將領，到京城長安建言建策，多對軍隊行政組織職能變更發表有用的建議、意見。
在這種背景下，海軍第一艦隊司令陳森、第二艦隊司令李漢、陸戰隊司令馮國安、加勒比分艦隊司令候泰元、陸軍一到七師師長、禁衛師師長、原總參謀部各部門主官，分別從不同駐地出發，或搭乘火車、或者騎行、轉走水路，向著同一個目的地進發。
陳森、李漢、馮國安、候泰元四人并列而行，四人中每個人手里都提著一疊厚重的公文卷宗，里面裝著他們及其手下參謀們共同整理的建議意見，準備在面見李明遠的時候，提交上去。
分割總參謀部，成立互不統屬的海軍部、陸軍部的主要目的是進一步完善軍政、軍令分離制度，將軍隊日常管理、武器裝備、作戰物資運輸管理等事務與軍隊作戰指揮權分割開來，形成條理分明、運行高效的戰時、非戰時軍隊管理體系，保證軍隊的發展不脫離皇帝和政府的控制。
按照中央政府下發的初步職能重組文件，海軍部下轄:戰史司、艦隊事務司、艦艇建造總監、航道管理與測繪司、內部審計司、海軍教育總監，一共四司兩總監六個一級職能部門，負責海軍相關的日常行政管理、教育、人事、武器采購、艦艇建造與招標等事務。
而與海軍部并列的海軍參謀部則下轄
軍務司、作戰司、情報司、通信司、作訓司五大部門，
軍務司負責庶務、軍務管理，作戰司負責艦隊編制、作戰計劃的制定與實行、軍紀節制等事務，是海軍參謀總部的核心部門，
情報司負責軍事情報搜集，作戰海域航道、天氣等情況偵查，戰史與外國情報翻譯。
通信和作訓司分別負責艦隊與本土、海軍基地的聯系，以及海軍艦艇人員、后備人員的訓練與選拔等事務。
海軍參謀本部與海軍部的設立，即意味著兩部主官軍事權力的縮小，同時職能再次細分與完善后，無論是海軍部還是海軍參謀本部的行政地位都得到大幅度的提高，
在原有的總參謀部制度下，雖然海軍和陸軍并列為總參謀部的下屬單位，但是總參謀部下面各司局級單位百分之七十以上被陸軍軍官占據，海軍在里面的發言權受到極大的限制與壓縮。這一點從陸海軍雙方的將級軍官數量上面很容易能夠看出區別，
陸軍方面，七個野戰部隊師長、禁衛師師長全部是少將級或者中將級軍官，而海軍方面，將級以上軍官只有陳森、李漢兩人，且級別都是少將，將級以下的主要軍官只有馮國安、候泰元兩人，無論是在將級軍官還是校級軍官的數量上，海軍與陸軍的差距都在四倍以上。
海軍建立時間比陸軍稍晚，戰略地位比之陸軍也有不小差距，種種原因綜合在一起，導致了陸海軍力量的失衡，不過，隨著海軍機構重組的機會，陳森、李漢兩人看到了海軍崛起的機會，而候泰元、馮國安在欣喜海軍得到皇帝和政府重視的同時，也看到了軍銜更進一步的可能。