撤退命令下達，駐扎在亞松森的巴西士兵們松了口氣，簡單休息一晚，11月12日上午，天剛蒙蒙亮，第一批守軍便開始了撤離。
11月18日，桑托斯最后看了眼冒著熊熊大火和濃煙的亞松森城，然后遺憾得轉身離去。
巴西守軍在撤離之前，對亞松森城和沿線防御工事進行了徹底的破壞，一些從后方長途轉移至前沿的彈藥物資、重武器，因為不方便隨軍攜帶搬運，被放棄在城內，隨亞松森城一塊被摧毀、破壞。
11月20日，2萬余漢軍前沿部隊，搭乘軍艦、蒸汽運輸船抵達亞松森，看到的卻是被破壞得面目全非的殘垣斷壁。
亞松森城被徹底摧毀，前沿部隊短暫停留半天，留下一千人占領并清理可能逃散的殘敵，剩余部隊繼續沿著巴拉圭河向北突進。
11月22日，前沿部隊抵達康塞普西翁，
與尚未來得及撤離的一部守軍交火。
24日，康塞普西翁港口被攻破，3000余守軍被俘虜。
25日，距離巴西主力部隊撤離亞松森過去十二天，桑托斯帶領的最后一支殿后部隊也抵達了巴西共和國境內，漢軍前沿部隊一路尾隨追擊，相繼收復沿線巴拉圭領土。
27日，因戰線拉長，運輸補給不暢，前沿部隊暫時停下追擊腳步，在巴拉圭與巴西共和國交界處停了下來，并向后方通報戰況。
巴拉那流域方向，11月20日杜瓜伊蘇港口守軍得到桑托斯帶領部隊撤離的消息，于11月22日開始撤離，期間遭遇漢軍自巴拉那河北上的追擊部隊，巴拉那戰線敵軍丟下一部約6000人的殿后部隊，狼狽逃回國內。
11月19日夜晚，虎美塔要塞殘余守軍集中兵力向東部方向突圍，戰至第二天凌晨，除3000余人突破防線，成功逃脫外，剩下約15萬人被漢軍阻擊，于11月21日放下武器投降。
11月26日，穿越原始森林和丘陵山區，僅剩下1000余人的虎美塔殘軍，遭遇一支規模約4000人，自巴拉那河流域西進的漢軍二線警備部隊，長途跋涉、疲憊不堪，丟掉所有重武器的虎美塔殘軍不是漢軍的對手，交手不到一個小時，在戴維斯少將被擊斃后，剩下約800名殘軍，在米勒少將帶領下，無奈投降。
虎美塔方向32萬人全軍覆沒，比亞里卡方向2萬人被殲滅，瓜伊拉失守損失4000人，
撤離過程中，杜瓜伊拉港口損失6000人，康塞普西翁損失3000人，算上各部追擊作戰中，陸續殲滅的約3000巴西殘兵敗將。
截止1889年12月2日，漢軍收復除原巴西南馬托格羅索州、戈亞斯州等外，全部巴拉圭領土，野戰軍、警備軍總計傷亡約3600人，民兵、隨軍民夫傷亡約3000人，殲滅、俘虜敵軍68萬人，成功逃回本土的巴西軍隊總數約72萬人。
隨著雨水的再次降臨，巴拉圭戰事再一次被按下暫停鍵，漢軍各部皆停下作戰腳步，一方面分派部分兵力，深入巴拉圭各地清繳殘軍和抵抗武裝，加強對巴拉圭基層的掌控，另一方面修整、集結，等待后方的彈藥、物資補給。