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九卿之一的鴻臚寺卿，被裁撤了，相應的職能轉移到了禮部的手上。
衛尉寺和太仆劃歸兵部，太常寺和光祿寺劃歸禮部，太府寺劃歸三司使衙門，九卿減為三卿，朝廷里的冗官，為之一空。
新的九卿，也就變成了，吏、戶、禮、兵、刑、工這六部尚書，以及都察院都御史、大理寺卿、樞密副使，統稱九卿。
其中，大理寺，名義上屬于九卿衙門。實際上，大理寺直接隸屬于李中易管轄，其人、財、物和內閣諸衙門，沒有任何的關系。
這就是李中易一直想推行的，司法權獨立于行政權之外，以免內閣那邊施加政治性的干擾。
至此，李中易精簡朝廷機構的計劃，完成了階段性任務，暫時告一段落。
在朝廷之上，李中易為總負責人，內閣分管政務，樞密院在總參議司、后勤司、軍法司、鎮撫司的配合下，共同掌握軍權。
三司使，因為掌握著朝廷的財政大權，被單列了出來，直接隸屬于李中易管轄。
這么一來，內閣的權勢，由掌握一切大政的政事堂，變成了奉詔辦事的最高執行機構。
按照新定的規矩，朝廷的大政方針，由李中易召集御前會議來決策，御前會議的成員，包括內閣諸相、三司使以及九卿。
在朝廷的機構改革之中，和讀書人最息息相關的是，國子監改成了太學。
如今的太學，分為儒、文、理和法四科，顧名思義，也就是儒學，雜學、工學和法學。
在儒生鬧事的亂相之中，國子監成了儒生們聚集的主要場所，他們每天抨擊朝政，污蔑李中易是暴君。
結果，等李中易展開反擊之后，國子監第一時間就被裁撤了，改為太學。
新任的太學山長，由鎮撫司副鎮撫夏明德擔任，他是李中易欽點的山長。
這主要是李中易吸取了教訓，所謂的國子監學子們，他們肩不能扛，手不能提，百無一用，卻偏偏是鬧事最厲害的一群人。
最可恨的是，這幫家伙居然圍攻官員的宅子，打死打傷了十幾名官員。
所以，等李中易騰出手之后，第一時間就對國子監動了手。那些閑得沒事干的學子，一律發配去了靈州，讓他們喝一喝西北風，清醒清醒頭腦。
朝廷中樞的機構改革，不可避免的影響到了地方，原本地位很尷尬的各級大理分寺，如今完全掌握了地方的司法權。
與此同時，各地除了知州之外，也都配備了通判。與之相對應的是，各縣也都配了縣丞。
按照朝廷的典章制度，知州發布的政令，必須要通判副署，否則就不是合法的政令。
在統一了江南之后，李中易和內閣，都深陷于文山之中。畢竟，天下已經有五百余軍州，無論大小事務，都要呈報進京，換誰都吃不消。
于是，在州以上，設置新的一層行政機構的迫切性，也就提到了議事日程。
最終，由李中易拍板，在全國范圍內，州以上的一級行政區，設置為十五路，即京東、京西、河北、河東、陜西、淮南、江南、荊湖南、荊湖北、兩浙、福建、益州、陜西、廣南東和廣南西。
其中，河東路的地盤，暫時掌握在劉漢朝廷的手上，益州路則依然是孟家的江山。