功成引退
正當范文程勵精圖治業績顯著的時候，朝中政局發生了重大變化，使他不得不抑制雄心壯志，置身中樞之外。攝政王多爾袞率清軍入主中原以后，權勢急劇膨脹，初晉叔父攝政王，再升皇叔父攝政王，順治五年竟當上了皇父攝政王，大有取代福臨帝位之勢。范文程蒙受皇太極特恩殊寵，知恩圖報，竭力效忠朝廷，誓死不忘故主，至是，見朝政日變，多爾袞權大逼帝，同僚剛林、希寵背主轉附多爾袞，福臨之位岌岌可危，心中十分不滿。兼之，幾年以前豫王多鐸奪己妻遭罰，難免有恨，恐將恃權報仇。形勢非常明顯，范文程要想晉爵加祿牢居相位，避免多鐸謀害，就得離棄幼君投靠多爾袞，要想保持氣節，忠貞不渝，就要開罪于皇父攝政王，身家性命難保。左思右想，進退兩難。最后，范文程決定托疾家居。此情當然引起多爾袞不滿。因此，盡管范文程于開國定制大有貢獻，威望甚高，從順治元年起就名列大學士之首，但攝政王對剛林、馮銓、祁充格三位大學士更為信用，范文程逐漸被排除于議政之外。
順治七年1650年十二月，多爾袞病逝，順治八年1651年閏二月，剛林、祁充格以諂附多爾袞妄改實錄刪去大福晉阿巴亥等事，被處以死刑，范文程亦系同改之人，刑部擬議革職，解任，籍沒其家，諸王大臣覆議，擬令其革職折贖留任。順治帝批示“范文程曾效力太宗朝，在盛京時，又不曾預貝子碩讬之罪，后知睿王所行悖逆，托疾家居，眾亦共知。睿王取去剛林時，以范文程不合其意，故不取去。范文程著革職，本身折贖，仍留原任。前所行情罪已結，今后于委任職掌，當矢忠報效。”不久，范文程即復官。
順治九年1652年遇恩詔，復進世職為一等子，授議政大臣，任太宗實錄總裁官。范文程繼續盡心竭力佐治國政，三月初八日，他偕同僚參奏會試中式第一名舉人程可則“文理荒謬，首篇尤悖戾經注，士子不服，通國駭異”，請敕部議處。順治帝命革退程可則，懲治考官胡統虞等人。
順治十年1653年正月，范文程又上奏恢復連坐法，奏請允許部院三品以上的大臣各舉所知之人，若被舉之人任官后稱職，獎勵保舉者，如其不稱職，按罪之大小，進行論罪。他認為，“此法實行，則內外皆得真才，而天下無有不治者矣”。順治帝下詔從其議。八月，加范文程少保兼太子太保。九月，年近花甲的范文程上疏，以病奏請休致。
順治十四年1657年，范文程的官銜又升了一級，順治帝派遣畫師去范文程家里畫了他的像，放在宮內不時觀看。
康熙二年1662年，范文程奉命祭告太宗山陵，趴在地上悲傷的哭，人扶著都不能起來。
因病去世
康熙五年1666年八月初二日，范文程因病去世，終年70歲。康熙帝知悉文程病故，親撰祭文，遣禮部侍郎黃機諭祭，賜其葬于河北懷柔縣紅螺山，謚“文肅”。完善官制