八月，列入整肅名單的團體增加到一百個，超過三萬三千名武士、大名遭到審判，九百多人被審判處死，超過五千人被流放、監禁。
十二月底，對幕府體制的清算基本宣告結束。董邵偉覺得這些尚且不夠，考慮到齊日戰爭結束前夕，倭國尚有超過八十萬軍隊和數量可觀的民間軍事組織，董邵偉下令九十天內所有大名、武士必須無條件解除武裝，向所在地的駐扎齊軍交出武器，否則以叛亂分子處理。
景炎二十一年二月，除少數負隅頑抗分子進入富士山負隅頑抗，剩余約七十八萬武士、足輕陸續向齊軍交出武器。
銷毀倭人武器的任務交給了第二十八兵團，他們焚毀了所有彈藥庫，點燃了飛艇，數百萬計的火炮、步槍、手雷被投入日本海，一起被摧毀的還有無數軍工廠和海軍碼頭，飛艇基地等。
此外，懲罰戰犯、對天皇幕府的審判也在通判進行。
對櫻町天皇和德川吉宗的審判工作也在緊張地進行。
三月初，董邵偉宣布逮捕櫻町天皇、德川吉宗等首批39名甲級戰犯，四月底又逮捕了104名甲級戰犯；景炎二十一年六月初，大元帥府臨時軍事法庭成立并開始審判這些戰犯。同月，法庭判處天皇及征夷大將軍等25人絞刑，16人無期徒刑，剩余戰犯則被判處從十年到五十年不等的有期徒刑。
這些挑起齊日戰爭，妄圖顛覆大齊的罪人終于得到了應有的懲罰。
四月，天心城方面運來的糧食逐漸供應不足，糧食危機越發彌漫，在董邵偉的請求下，各省總督巡撫開始號召漁民將魚獲運送長崎，大元帥府代表天心城在長崎港口以市場價收購。
大批海豚、鯨魚、海豹被捕撈上來，運送至倭國，成為倭人餐桌上的主要食物，在一定程度上解決了各地糧食問題。
九月，第二批共計五百艘大船滿載糧食馬草抵達長崎港口。
倭國糧食問題終于得到了初步解決：在這之后，倭國民眾開始喜歡和信任董邵偉，喜歡這個名副其實的倭國太上皇。
為了避免倭國全面崩潰，大元帥當局決定立即在倭國實施農地改革，以平息農民對沒有土地的嚴重不滿。
當年年底，在駐守十萬多名齊軍戰兵的保護下，大元帥府頒布第一份倭國農地改革方案，并于次年二月份得到天心城方面肯定。
該方案規定：由大院府負責強行收購離村地主的全部出租地；在村地主超過1町步以上、自耕農超過3町步以上，以及其他經由各繳農地委員會決定的土地也都在收購之列；收購后的土地，按照低價出售給無地或少地的佃農，原租佃農戶有優先購買權；殘留的出租地的地租由過去的繳納實物改為繳納現金，地租率水田不得超過產值的25%，旱地不得超過15%。
此外，董邵偉還頗為重視倭國人的教訓問題，還十分重視倭國的教育問題。
在他的直接干預下，倭國私塾、公立學校禁止一切對大齊仇視宣傳，取消倭國所有的天皇節日，增設全國和平日。</p>