沒過幾日，方臘軍又攻陷處州，縉云尉詹良臣率數十人出御，為賊所擒，誘降不屈，也被殺死。
隨即，方臘嗣令杭州守賊方天定引眾六萬，陷崇德縣，轉攻秀州。
方天定得令，率南軍六萬眾，在攻陷了崇德縣后，又驅兵馬，來到秀州城下，將秀州城團團圍住，晝夜攻打。幸虧秀州統軍王子武，果敢善戰，號召兵民，登陴力御，斗大的秀州城，兀自守住，未被南軍攻破。
童貫率軍抵達金陵，稍事休整，留偏將劉鎮把守金陵，他率軍急進，抵達鎮江后，聞知秀州被圍，急檄王稟馳援，去救秀州。正巧熙河將辛興宗、楊惟忠亦領兵到來，兩路軍遂夾攻方天定，方天定支持不住，只好退走，秀州解圍。
方臘東攻不克，轉圖西略，連陷寧國、旌德諸縣，官軍被其牽制，又只得分軍西援，一時顧不到浙西。
童貫率兵，到了蘇州，知道花石綱引起的民憤太大，立刻私自用宋徽宗的名義，下了一道詔書，承認錯誤，并且撤銷了專辦花石綱的“應奉局”，把朱勔撤職。
東南的百姓看到朝廷取消了花石綱，徽宗皇帝也下了罪己詔，承認了錯誤，罷免了朱勔，總算是出了一口惡氣。
這時候，童貫使用了和談與征剿兩種手段，先是派人到方臘那里下降書，承諾只要方臘投降朝廷了，保證不殺，并給予一定的官職；另一方面整頓戰備，準備進剿方臘。
信使打出了寫有“信使”二字的三角旗，一路尋至方臘行營，下了招降書。
那方臘全不似水泊梁山的宋江。對朝廷的招安，方臘嚴詞拒絕，將招降書唰唰幾把撕成碎片，擲于地上，喝令鍵卒，扯翻了信使，摁于地上，照屁股打了一頓棍棒，攆將了出去。
童貫派去的信使屁股被打得皮開肉綻，忍著痛疼，一瘸一拐地走了。
信使回到童貫大帳，將招降方臘不成反被棍打的情況，報告給了童貫。童貫聞聽到這個情況，氣得暴跳如雷，急令部屬，抓緊戰備，準備征剿方臘。
戰備整頓完畢，童貫再行進發，進剿方臘匪軍。
方臘起事，聲勢雖然鬧得挺大，但若是真打起仗來，遠不是訓練有素的官兵對手。所以，在童貫大軍的征剿下，方臘節節敗退，一直退到了幫源峒。
童貫指揮各路援軍，共計有三十萬人馬，四下里將幫源峒圍困了起來。
方臘見情勢危急，急令部下帶領大部隊突圍，他自己帶領一小部分人員，牽制官兵。
方臘手下幾大元帥均不同意，紛紛說道“圣上，您帶著部隊突圍，我們給您打掩護。”
方臘聞言，急令道“情勢危急，不要再爭了。與你們相比，我的目標更大，童貫那個佞賊盯得是我，不是你們，只要你們能安全突圍，便是留得了青山，何愁沒有柴燒你們要保全力量，繼續戰斗。”
說完，方臘拖著已經受傷的身體，帶領一小隊人馬，突然殺向官兵，以此吸引官兵注意力，掩護其他人突圍。
沖至官兵陣中的方臘，揮舞著大刀，接連砍死數十名官兵。
方臘的刀刃砍得卷了起來，不能再用；于是，方臘便跳下馬，舉起一塊塊石頭，使勁地擲向官兵。
官兵中，有認得方臘的，大喊一聲“此賊乃方臘”
官兵聞聽到對方是方臘，爭功心切，揮舞著刀槍，圍了上來。方臘身邊的石頭也投擲完了，只能赤手空拳地與官兵對打。朝廷官兵見方臘已是困獸猶斗，紛紛沖上去，搶著砍方臘的頭，好回去邀功。
可惜方臘沒有陳碩貞的運氣，此時，除了洶涌而上的官兵外，并沒有鳳凰飛至自己身旁，他好騎了鳳凰離去。當時方臘，身陷眾圍，寡不敵眾，被官兵一陣大刀，砍成了肉醬。