葉卡捷琳娜宮辦公室設36個內設機構：
(一)綜合調研處。負責組織起草太子殿下在重要會議上的講話稿等。組織起草或審核向上級部門或魔王的綜合性匯報材料以及重大事項的專題報告。根據全國社會情況和政府工作重點，協調組織開展應用性的調研，形成調研報告，供太子殿下參考。
(二)秘書處。負責太子殿下相關會議會務、記錄和紀要撰寫。負責太子殿下牽頭召開的重要會議會務工作。負責葉卡捷琳娜宮辦公室工作調研的總協調。負責由太子殿下負責活動的服務保障。負責落實政府領導工作協作制度。
(三)外交一處。負責辦理各外交方面的文件、會務和調研工作。
(四)國防一處。負責辦理各部隊相關的文件、會務和調研工作。
(五)國防二處。負責辦理各軍事院校方面的文件、會務和調研工作。
(六)國防三處。負責辦理各軍事工廠、研究所等方面的文件、會務和調研工作。
(七)國防四處。負責辦理各軍民共建方面的文件、會務和調研工作。
(八)安全一處。負責辦理國內公共安全等方面的文件、會務和調研工作。
(九)安全二處。負責辦理國家安全等方面的文件、會務和調研工作。
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(一十)教育一處。負責辦理各初、級教育院校方面的文件、會務和調研工作。
(一十一)教育二處。負責辦理各高級教育院校方面的文件、會務和調研工作。
(一十二)農業一處。負責辦理農業、農村、農民工作等方面的文件、會務和調研工作。
(一十三)農業二處。負責辦理農業系統研究、技術、數據等方面的文件、會務和調研工作。
(一十四)工業一處。負責辦理工業、工廠、工人工作等方面的文件、會務和調研工作。
(一十五)工業二處。負責辦理工業系統研究、技術、數據等方面的文件、會務和調研工作。
(一十六)商業一處。負責辦理國內關于商業工作等方面的文件、會務和調研工作。
(一十七)商業二處。負責辦理外貿工作等方面的文件、會務和調研工作。
(一十八)商業三處。負責辦理商業法規等方面的文件、會務和調研工作。
(一十九)醫療一處。負責辦理醫院、醫生工作等方面的文件、會務和調研工作。
(二十)醫療二處。負責辦理醫療系統研究、技術、數據等方面的文件、會務和調研工作。
(二十一)技術一處。負責辦理技術研究等方面的文件、會務和調研工作。
(二十二)通信一處。負責辦理通信系統工作等方面的文件、會務和調研工作。
(二十三)建設一處。負責辦理各工程建設、規劃等方面的文件、會務和調研工作。
(二十四)建設二處。負責辦理各工程技術、法規等方面的文件、會務和調研工作。
(二十五)交通一處。負責辦理各交通建設工程、規劃等方面的文件、會務和調研工作。
(二十六)水利一處。負責辦理各水利建設工程、規劃等方面的文件、會務和調研工作。
(二十七)內務一處。負責辦理民政事業等方面的文件、會務和調研工作。
(二十八)內務二處。負責辦理災害救援等方面的文件、會務和調研工作。
(二十九)司法一處。負責辦理司法系統相關工作等方面的文件、會務和調研工作。
(三十)財政一處。負責辦理國家財政相關工作等方面的文件、會務和調研工作。
(三十一)社會一處。負責辦理社會保障相關工作等方面的文件、會務和調研工作。
(三十二)公文處。負責辦公室公文處理工作。負責辦公室公文處理工作的日常運轉、組織協調、監督管理、培訓指導等。擬訂辦公室公文處理規章制度及公文處理工作規范性要求。承擔辦公室主要領導批示件登記、分辦工作。負責辦公室發文審核和機要、檔案、印鑒管理工作。承擔辦公室保密工作領導小組辦公室工作。負責辦公室信息公開工作。
(三十三)總值班室。負責辦公室值班工作，及時報告重要情況，傳達、督促落實并反各級領導批示指示。
(三十四)接待處。負責接待各級領導及其所率團組前來視察、考察、調研等接待服務保障工作。負責辦公室領導公務接待活動的現場組織與協調。協助做好辦公室領導外出公務活動的接待聯絡工作。協助做好其他調研、考察接待工作。辦理辦公室領導交辦的其他接待任務。
(三十五)人事處。負責辦理辦公室的機構編制、組織人事及行政后勤事務工作，按照有關規定負責干部任免、調配、教育培訓等工作。
(三十六)財務處。全面負責辦公室的日常財務管理和會計核算工作。