另一位輔政大臣蘇克薩哈主動表示辭職，然而還沒等皇帝表態，鰲拜就給蘇克薩哈捏造出了一大串罪名，給他判了個死罪。康熙堅決反對，但是鰲拜一意孤行，最終還是處死了蘇克薩哈。自此以后，鰲拜的氣焰更盛，使得康熙對他十分惱火。
君臣二人明爭暗斗，互不相讓。為了扳倒鰲拜，康熙在宮中訓練侍衛，做布庫之戲，掩人耳目。1669年，康熙智擒鰲拜，讓侍衛們當場拿下鰲拜，隨后列出鰲拜30條大罪，鏟除了鰲拜的黨羽，徹底將朝政大權握于己手。
在鏟除鰲拜之后，康熙下令整頓吏治，停止圈地，恢復內閣翰林院，禁止買良民為奴。但是很快康熙就要面對自己親政以來最大的危機——三藩。
所謂的三藩指的是平南王尚可喜、靖南王耿精忠、平西王吳三桂，他們分別鎮守于福建、廣東、云南，其中以吳三桂實力最強、功勞最大。為了籠絡吳三桂，清朝還將皇太極的小女兒嫁給了吳三桂的兒子吳應熊。
1673年，平南王尚可喜因為與兒子不合自行返回遼東，康熙借機要求其撤藩。不久，吳三桂和耿精忠也請求撤藩，這自然也是在試探清廷。
康熙認為吳三桂遲早都會造反，于是就下旨讓吳三桂與耿精忠撤藩。使者前去接收時，吳三桂果然起兵造反，自稱周王，耿精忠也起兵響應，迅速席卷了云貴、湖廣等地。
康熙被打了個措手不及，然而這時的吳三桂已經年老，雖然兵鋒正盛，但是卻遲疑不前。
康熙下旨毒死了尚之信，派出數路大軍反擊吳三桂，陸續收回了失地。1677年，尚之信投降清朝，吳三桂窮途末路，在次年稱帝登基，不久就暴病而亡，其孫吳世璠兵敗自盡，而尚之信、耿精忠等人也相繼被清廷處死。三藩之亂平定。
在三藩之亂徹底平定后，水師總督施瑯率領2萬水師、300艘戰船出征臺灣，在澎湖之戰中殲滅了明鄭軍隊的精銳。鄭成功之孫鄭克塽投降，臺灣平定。清朝在臺灣設立了一府三縣，將臺灣納入中央王朝的管轄之內。
在平定臺灣的同時，康熙也沒忘記在清朝的北面還有一個強大而可怕的鄰居——俄羅斯。自17世紀以來，沙皇國俄不斷向東擴張，蠶食著龍黑江流域，并且建立了城市據點。
1680年，康熙帝驅逐沙俄侵略者，將俄國人建立的據點焚毀，僅剩雅克薩一座孤城。但是俄國人出爾反爾，依舊在當地劫掠，被清軍趕跑。
兩年后，沙俄卷土重來，康熙派兵包圍雅克薩。遠在科莫斯的攝政索菲亞下令撤軍，在1689年與清朝劃定邊界，簽訂了《尼布楚條約》。
在解決了沙俄的威脅之后，準格爾部的勢力也日漸強盛起來。準格爾首領噶爾丹統一了漠北喀爾喀蒙古，喀爾喀三部向康熙求援。
噶爾丹率軍追殺到漠南，康熙親率兩路大軍征討噶爾丹。噶爾丹大敗，逃回了老家。1695年，噶爾丹卷土重來，再次進攻喀爾喀。
康熙出兵10萬，分三路進攻噶爾丹，噶爾丹之兄與清廷合作，噶爾丹腹背受敵。次年，噶爾丹暴病而亡。
在康熙第一次親征噶爾丹歸城時，康熙突然生病，太子胤礽侍疾，皇太子接父皇生病，毫無憂色，導致康熙非常不滿，埋下了日后九子奪嫡的禍根。
所謂九子奪嫡指的是大阿哥胤禔、二阿哥胤礽、三阿哥胤祉、四阿哥胤禛、八阿哥胤禩、九阿哥胤禟、十二阿哥胤祹、十三阿哥胤祥、十四阿哥胤禵為爭奪儲君之位而進行了激烈的政治斗爭。
清朝自立國以來，每一任君主去世都沒有直接指定繼承人，而是由王公貴族推舉。康熙親政以后就想效仿漢人制度，立皇后赫舍里氏所生的胤礽為皇太子。
但是隨著胤礽的日漸長大，他與康熙的關系也日漸緊張起來。1698年，康熙冊封大阿哥胤禔等人，并讓他們參與管理國家政務，這讓皇太子胤礽深感威脅。最近轉碼嚴重，讓我們更有動力，更新更快，麻煩你動動小手退出閱讀模式。謝謝</p>