安史之亂以后，唐朝統治遭受到沉重打擊。高門士族用以壟斷文化的政治經濟基礎不復存在，外有藩鎮割據，內有宦官專權，再加上連年戰亂，唐朝的統治也已經岌岌可危。
在唐朝后期，本是寒門子弟用以入仕的科舉途徑，卻被世族子弟所壟斷。在朱溫掌權后，他們也迎來了最終的結局。
朱溫想將自己的親信提拔為高官，遭到宰相裴樞等人反對，于是朱溫就將他們全部貶官驅逐。
公元905年，朱溫在白馬驛將這些自認衣冠清流的政敵全部殺死，尸體扔進黃河中，士族門閥這一概念也徹底成為歷史了。
唐朝滅亡后，中國進入五代十國時期，皇帝輪流做，政權更迭極為頻繁，各路藩鎮軍閥將領都選擇自己招募幕僚文士用來出謀劃策，處理后勤文書工作。
宋朝名相趙普就是出身于趙匡胤的幕府。在這種情況下，通過科舉制度選拔出來的文官自然要讓位給皇帝的自己人。到了宋太宗趙光義時，科舉制度又一次得到了完善。
宋太宗趙光義是繼承兄長趙匡胤的皇位，屬于篡位而非傳統的父子，而且趙匡胤的兩個兒子也在趙光義時期離奇死亡。
不管趙光義有多么理直氣壯地聲稱自己的皇位合理合法，但是群臣對趙光義這個皇帝還是心有疑慮的。
為了拉攏人心，同時也為了鞏固自己的地位，趙光義一方面限制武將兵權，一方面大搞科舉擴招，把朝堂內外全部換上自己挑出來的天子門生。其子，宋真宗更是大力宣傳“書中自有黃金屋，書中自有顏如玉”。
然而宋朝的科舉也并非完全公平，高官子弟可以通過單獨考試取得入仕資格，再加上他們彼此之間互相聯姻，形成了盤根錯節的利益關系。
但是相比于之前的高門士族，宋朝的士大夫再也無法對皇權產生威脅。而元朝又是另一番景象了。元朝科舉僅實行了45年，取士人數不過千人，是科舉制度自實行以來規模最小的一朝。
不僅科舉規模小，而且元廷對通過科舉入仕的官員也不重視，實際掌權的仍然是大貴族。
此外，作為南宋后裔的南人，在元朝是最受歧視的群體，不僅科舉名額極少，而且升遷也很不容易。明朝開國名臣李善長、宋濂等人都沒有在元朝考過科舉。
明朝的科舉也經歷了由廢到興的時期，雖然朱元璋在開國第三年就設立科舉，但是洪武一朝依然是舉薦和科舉并進。換在以前，通過舉薦制度可以大搞裙帶關系。
但是在朱元璋手下干活，不論是通過舉薦還是科舉入仕，能保住性命都很不錯了。洪武四大案殺的人頭滾滾，血流成河。朱元璋晚年的南北榜更是把主考官和狀元都送去見了閻王。
在1397年的會試中錄取的51人全部都是南方士子，放榜以后遭到北方士子抗議。朱元璋認為其中存在舞弊，下令徹查，但是主考官卻堅持認為錄取結果并無問題，考官完全是憑真才實學錄取。
朱元璋大怒，下令將主考官發配流放，使第一名陳安也被處死。朱元璋親自閱卷重新錄取了61人，全部都是北方人，史稱南北榜案。最終促成明朝按地域取士的公平。
1425年，明宣宗朱瞻基下令會試分南北中三卷取士。明朝科舉還有一個重要的改變，就是額外設立庶吉士考試，在新科進士中選拔進入翰林院的人才，繼而入閣輔政。
到了明朝中后期，內閣大學士基本都是庶吉士出身。清朝科舉繼承明代制度，但是為宗室和八旗子弟增設科目，方便他們進入仕途。
清朝時科舉制度的種種弊端已經暴露無遺，明清科舉考試皆采用八股文文體進行考試，對格式要求極高，而且只能從朱熹的《四書章句集注》等書中出題，而且也不能重復。
幾百年下來，考官出題也成了一個基礎活，只能從書中摘出詞句，強行拼接。在這種情況下，科舉考試已經喪失了選拔人才的初衷，變成為科舉而科舉。