按照明朝的官方說法，也就是朱棣及其子孫的說法，這場大火是建文帝無顏面對燕王，因而在皇宮放了一場大火，以死謝罪。
建文帝皇后馬氏、太子朱文奎也跟著一起死了。朱棣對著燒得已經看不出模樣的尸體痛哭流涕地說道：“侄兒為何如此？”
哭完以后，朱棣下令將建文帝夫婦以帝后禮安葬，沒有謚號，沒有廟號，沒有陵墓。就這樣，建文帝在政治意義上就成了一個死人。
那么建文帝真的是死了嗎？雖然朱棣一再對外宣稱建文帝是自焚而死，但是仍然堵不住天下悠悠眾口，就連朱棣自己也不相信建文帝是真的死了。
在明朝中期關于建文帝下落有一種說法非常流行：朱棣為了尋找建文帝派出了兩路人馬，一路是鄭和下西洋，在海外尋人；一路是胡濙巡游天下尋找新人。
然而鄭和下西洋耗資巨大，其主要目的就是為了宣揚國威、擴展朝貢貿易，就算想找人也只能是順路找找。胡濙奉朱棣之命巡游天下，名為尋找仙人，實則是訪查人心向背。
朱棣得位不正，憂慮人心不服，于是派人去查訪民心如何。公元1423年，胡濙突然在半夜求見朱棣，匯報完畢后，朱棣的反應是“以此使事”。
那么這個“一”真的是建文帝嗎？倒也未必。根據大學士李賢為胡濙撰寫的墓志銘，朱棣懷疑太子朱高熾背地里搞陰謀，于是派胡濙去調查。
在知道太子依然澄清孝敬后，朱棣長舒了一口氣，不再懷疑太子。
那么胡濙有沒有找到建文帝呢？沒有人知道。此時建文帝的母親、弟弟和妹妹都已經死于幽禁之中，幼子朱文圭被囚禁在鳳陽不見天日。
建文帝對朱棣皇位的威脅已經不復存在，但是也有好事之徒想借著建文帝的名義圖謀造反。公元1416年，蜀王朱椿派女婿進京向朱棣告發谷王朱橞圖謀不軌。
朱棣不查不知道，一查嚇一跳，谷王竟然放出風聲說自己王府里有建文帝，想以擁立建文帝為名推翻朱棣。然而這個所謂的建文帝實際上卻是蜀王的三兒子朱悅燇。
因為犯錯被父王責罰，所以私自跑到叔叔谷王府。谷王就在侄兒身上大做文章，說他就是建文帝。這個蜀王嚇壞了，連忙讓女婿去找朱棣舉報。
朱棣派人將朱悅燇送回蜀王府，將谷王廢為庶人，并且嘉獎了大義滅親的蜀王。在這次事件后不久，朱悅燇就去世了，年僅二十五歲。
隨著朱棣的離世，他與建文帝的恩怨也終于宣告終結。繼任的明仁宗下旨釋放了一些建文忠臣的家人，使他們不再世代為奴。
然而建文帝的行蹤依然是下落不明。公元1440年，一個叫楊應祥的老和尚在廣西到處和人說他是建文帝。
當地官員連忙把此事上報朝廷，發現這個和尚并不是建文帝，因為建文帝此時應該是60多歲，而這個和尚卻有90多歲，年齡不符。后來這個和尚被人打入天牢，死于獄中。
明英宗后下令釋放建文帝的家人，建文帝的小兒子朱文圭被釋放出來時已經50多歲，不識牛馬。放出來以后很快就死了。
建文帝的弟弟朱允熥還有后代，但是最遲到明憲宗時也已經絕嗣了。此時建文帝就算還活著也已經90多歲了，距離靖難之役也有60多年了，社會風氣相比明初更加開明，各路野史也紛紛問世。
建文帝的下落也成了熱門問題，有人說他出家了，有人說他出海了，眾說紛紜，沒有人能知道答案。
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