而公孫賀是衛子夫的妹夫，衛家因此遭遇牽連，衛青的長子、衛子夫的一個女兒以及陽石公主隨后全部被殺。而這些殺戮，僅僅是巫蠱之禍的開端。
當時的妃子們大多信奉巫蠱之術，每人的屋子里都擺放著木偶。看到漢武帝對詛咒之人的處罰如此嚴厲，妃子們便開始相互誣陷，以詛咒皇帝之罪相互攻擊。
以至于被告發的妃子以及牽連的宮女、大臣多達幾百人，最后無一幸免。
漢武帝在之后經常做夢夢到木偶，本就年邁的他因此出現了身體不適，進而懷疑是受到詛咒所致。
他身邊有一位寵臣名叫江充，自認為經常受到太子劉據和皇后的忌憚，害怕自己在武帝死后遭到誅殺，于是開始預謀陷害太子。
他聲稱漢武帝之所以身體不適，完全是巫蠱作祟，只要徹查詛咒之人，皇帝便可安然入睡。
于是，他開始奮力查案。為了突出功績，他不惜對無辜者施以暴行，強迫認罪。以至于百姓之間胡亂指認，官吏之間隨意彈劾，進而導致京師以及三輔地區共有數萬人死亡。
之后，江充開始對太子劉據下手，從妃嬪的房間一直查到太子宮中。
經過一番亂挖之后，他揚言在太子宮中找到的木偶最多，詛咒之罪更加大逆不道。雖然劉據知道是江充故意陷害，但此時的他已百口難辯，非常害怕。
他的老師建議他先假傳圣旨，把江充關進大獄，然后再讓他供出自己的同伙。劉據只能以此行事，但他卻在沒拿到證據的情況下直接殺了江充。
當時，漢武帝久居甘泉宮，很多人都不知道里面的情況。劉據通過江充的做法，以為是有人趁機作亂，困住了武帝，甚至可能已經遭遇不測。
他不想自己成為當年被趙高害死的公子扶蘇，于是調集士兵護衛太子府。然而，坐在甘泉宮的漢武帝聽到的卻是太子造反的消息。
他準備派人把劉據接回詢問，但這位使臣因為忌憚劉據，并未前往太子府，而是繞了一圈后直接返回甘泉宮，聲稱太子已有謀反之事。漢武帝聽后大怒，下令丞相劉屈氂圍剿太子。
太子劉據只有一些護衛的兵馬，根本無法對抗，于是再次假傳圣旨，赦免了獄中的囚徒，并將這些囚徒納入自己的隊伍。
之后，他又派使節前往諸侯國尋求匈奴騎兵的幫助，相當于今天的雇傭軍。然而，這一消息被漢武帝的手下知曉，使者在途中被人殺死。劉據沒辦法，又找到北軍的楊安，但楊安根本不聽他的調令。
劉據最后只能把長安城的百姓組織起來，與那些囚徒組成一支數萬人的軍隊，與丞相劉屈氂的軍隊戰斗了五日之久。死亡人數不計其數，但劉據的隊伍還是無法抵抗不斷增援的正規軍。
最后，劉據只能帶著兩個兒子逃出長安城，他的門客也被一律處死，凡是參與謀反者全被滅族。皇后衛子夫也在宮中自殺，衛家的外戚勢力就此遭受了嚴重打擊。
就在漢武帝派人到處追捕劉據的時候，有人冒死為太子辯護，認為劉據是被奸臣江充陷害，他組織軍隊抵抗完全是出于自保，別無他心。
同時斥責漢武帝對所謂的謀反不加以調查就雷霆大怒。漢武帝于是稍微平息怒火，回顧了整個事件，這才發現太子謀反確實有很多蹊蹺之處。然而，他并未及時頒布赦免令。
劉據此時的處境依然危險，他只能隱藏在一戶普通百姓的家中。為了生活，他打算聯絡一位曾經認識的夫人，希望能夠得到一些經濟支持。
然而，此事又被泄露，遭遇了地方官兵的包圍。劉據最終緊閉房門自縊而死，兩個兒子也一同遇害。
公元前90年，漢武帝根據調查發現，因巫蠱之罪而誣告太子的人所言均不屬實，太子劉據確實被江充陷害。
于是，他下令誅殺江充全族，凡與太子刀兵相見者皆被滿門抄斬。丞相劉屈氂等相關人物也被以各種理由殺死。這便是轟動一時的巫蠱之禍。