面對這樣的局勢，馬援迅速向劉秀提出了平定隗囂的策略。劉秀對馬援的建議給予了高度評價，并立即付諸實施，委派馬援統領5000兵馬前往隴西地區。
不過，馬援并未急于展開軍事行動，而是采取分化策略，通過游說的方式瓦解對方的勢力。
他首先接觸隗囂的部將高峻和任光，以漢朝使者的身份與他們進行了深入交談，不僅詳細闡述了漢朝的強大與穩定，還指出了跟隨隗囂叛亂可能帶來的嚴重后果。高峻和任光也因此開始重新審視自己的立場。
除了與隗囂的部將進行交涉，馬援還積極聯絡當地的羌族首領。他深知這些羌族首領在地方上有著巨大的影響力，因此希望通過他們進一步削弱隗囂的勢力。
在與羌族首領的會談中，馬援展示了漢朝的寬容與強大，同時也表達了希望與他們和平共處的愿望。
在他的努力下，隗囂集團內部出現裂痕，一些原本忠誠于隗囂的將領和士兵開始動搖。
在這樣的背景下，馬援看準時機向隗囂發起了猛烈的攻擊。他利用隗囂集團內部的矛盾，采取快速靈活的戰術進行打擊。漢朝軍隊猶如猛虎下山一般撲向隗囂的軍隊。馬援最終通過巧妙的策略和出色的指揮，成功平定了隗囂集團。
此戰期間，馬援還創造了戰爭史上“堆米為山”的創舉。劉秀在進兵期間有些猶豫，馬援于是命人取米，在劉秀面前堆起山谷溝壑等地形地物，然后以此詳細指點山川形勢，標識各軍進退往來的道路，同時透徹地分析了戰局，向劉秀闡述了自己的戰術設想，幫助劉秀更好地理解和做出更加明智的決策。劉秀對馬援的“堆米為山”大加贊賞，感覺敵人仿佛就在眼前一樣清晰。
馬援最終通過此戰一戰成名。漢軍占領了天水的16座屬縣，隗囂軍主力基本被漢軍全部消滅。
馬援被任命為太中大夫。“堆米為山”不僅體現了馬援的軍事才能和智慧，還成為了中國歷史上第一次使用軍事沙盤的創舉。這一方法使得戰場上的形勢一目了然，為主帥提供了形象直觀的決策依據，也對后世的軍事戰略產生了深遠的影響。
從東漢末年開始，塞外羌族不斷侵擾漢朝邊界，甚至趁著中原混亂之際入居內地，占據了京城一帶屬縣。這種侵擾行為嚴重威脅了漢朝的邊境安全和穩定。
馬援因此又被任命為隴西太守，主要負責平定西邊的叛亂。公元35年，馬援率領3000兵馬大破羌族，通過奇襲的方式殺敵甚多，降服了大量的羌族士兵，成功穩定了中國西北邊境。這一戰使得青海地區并未落入異族手中。
為了更好地治理邊境地區，馬援還建議朝廷返回俘虜的羌族人民，并為他們安排管理，修建城市，發展農牧業等舉措，以共同開發邊境地區。
這些措施為民族團結樹立了良好的典范。在戰斗中，馬援往往身先士卒，甚至在一次戰斗中被飛箭射穿腿肚。
然而，馬援并未因此退縮，而是堅持戰斗在第一線。馬援不僅勇猛善戰，還特別慷慨仗義，每當獲得封賞之后，他都要把拿到的賞賜毫不保留地分給部下。這種慷慨仗義的精神，也贏得了部下深厚的敬意和擁護。
公元42年，馬援南渡江海，進行了一次具有重大歷史意義的軍事行動。他被任命為伏波將軍，南征交趾，平定叛亂。他率領2萬士兵和2000艘船只，長驅直入上千余里。在晉西一帶，他數次擊敗敵軍，斬殺叛軍首領，并將其首級傳送到洛陽。
隨后，他又進擊并打敗了颶風，一共斬服了5000多人，最終平定了越南地區。在平定叛亂后，他修筑城郭，開渠引水，澆灌田地，還參照漢律修訂了當地的法律，普及法律知識，大大減輕了當地越人和漢人的矛盾。
6年后，武陵地區的五溪蠻發生暴動，威脅到了東漢王朝的南部邊疆穩定。此時的馬援雖然已經62歲，但他依然心懷國家，于是再次主動請征。憑借出色的軍事才能和勇氣，他成功平定了五溪蠻的叛亂，維護了東漢王朝的統一和穩定。
可惜的是，云臺二十八將當中并未出現這位傳奇將軍的身影。原因在于漢明帝劉莊執政期間堅決拒絕外戚干政，而漢明帝的皇后正是馬援的女兒。為了向眾人傳達決心，漢明帝并未把馬援列入云臺二十八將之內。