隨著游戲的劇情，關于《傳送門》背后的故事也逐漸的揭露在了玩家的面前。
如同游戲的類型是益智解謎一樣。
《傳送門》中的一個劇情，同樣也是需要玩家一點點拼湊的。
包括機器人的對話，還有場景中的一些線索。
只有將這些東西串聯起來，才能夠得到一個完整的故事。
而跟夢境記憶中不同的地方，那就是楊晨將后續的一個劇情，跟前面進行了一個聯合。
只不過玩家在這之中還是要通過游戲中的一些線索，才能夠明白這一切。
在當初游戲中玩家操縱的主角雪兒，將GLaDOS的核心扔進焚化爐導致過載爆炸后。
雪莉被炸出了地面，但很快又被機器人給拖回了光圈科技中。
隨后鼠人在休閑中心的低溫冷凍室中找到了雪兒，并派護送機器人將她安置在該低溫室中。
而鼠人決定嘗試通過冷凍控制來挽救她，但哨兵塔樓阻礙了他的前進。
他在墻上找到一塊面板，很快就意識到GLaDOS的毀壞炸毀了主電網，結果包括雪兒在內的所有冷凍室都掉線了。
鼠人隨后試圖越過炮塔，但被擊中大腿。
鼠人用盡全力將雪兒的冷凍裝置修補到備用網格中，并重新啟動她的生命維持系統，該方法可以正常工作，但會讓雪兒永久睡眠，直到她被喚醒。
同時由于雪兒對GLaDOS的破壞，本應在倉庫待機的惠特利以及許多其他人格核心被激活，開始維護光圈設施，但還是有很多核心出現問題，有的電量低，以及程序不正常。
度過了不知道多長時間，惠特利將雪兒給喚醒，同時將整個冷凍裝置進行移動。
而移動的過程中，惠特利開始擔心整個設施的荒廢、并試圖修復這一切，所以他引導雪兒回到破舊的1代實驗室并拿到傳送槍。
只不過惠特利的就如同競技游戲里的豬隊友一樣，詮釋了什么叫做愚蠢。
在穿過數個實驗室之后，回到一代中GLaDOS主機殘骸處，然而在主角與惠特利試著開啟逃生艙時，意外的重新啟動了GLaDOS的系統。
GLaDOS并未原諒雪兒多年前在一代中曾“謀殺”她的往事，還把雪兒再次帶進無止盡的實驗中，并且開始重建整個荒廢的光圈科技設施。
“我想只有在科學這件事情，我倆才能將彼此間的歧見暫時擱在一邊，你這個怪物。”
于是噩夢降臨，可憐的雪兒被踢入殘破不堪的迷宮繼續測試，不過這次的迷宮大陣中不再只有GLaDOS獨自喋喋不休的電子語音，還多了惠特利這個“愚蠢”的核心機器人。
不過隨著游戲的一個劇情推進，就如同在之前的劇情里面，GLaDOS欺騙了雪兒。
這一次GLaDOS則是告訴了玩家惠特利為什么會那么蠢的原因。
原來惠特利是光圈科技科學家們專門用來限制干擾GLaDOS思想，促使她作出錯誤決策的核心，稱愚蠢思想核心。
GLaDOS的嘲諷讓惠特利難以忍受，于是一直讓玩家以為是幫手，但只是有點蠢的惠特利則同樣是背叛了玩家。
整個游戲故事貫穿著“謊言”一詞，至始至終。
可真正讓人意外的地方，那就是伴隨著劇情的推進，GLaDOS卻給了玩家不一樣的感覺。
相較于惠特利，還有其他科幻類題材的人工智能AI。