正當楊三生準備用抽血的方式，逐漸消耗滿清、大順和大西的戰爭潛力時，滿清與大順軍的交戰，出現了重大的轉折點。
李自成的大順軍，在與滿清交戰了一年多后，再次不敵滿清，滿清攻占太原，大順軍已難以抵擋清軍的兵鋒。
1646年，一月初，滿清豫親王多鐸、智順王孔有德、懷順王耿仲明率軍在懷慶地區擊敗當地的大順守軍后，于孟津縣（距離洛陽北部不到四十里）渡過黃河，進入陜州（河南省陜縣）。
大順軍張有曾部，于靈寶縣阻擊滿清大軍，因兵力有限，被滿清大軍擊敗，滿清多鐸部，率軍推進到距離潼關二十里的地方扎營。
此時，大順軍在潼關的守軍，只有巫山伯馬世耀麾下的七千余兵馬，根本擋不住多鐸率領的數萬滿清大軍。
不久，李自成得到消息，直接率領部下劉宗敏、劉芳亮等將領，以及大順軍的主力部隊，匆匆趕往潼關。
同時，滿清也對奪取潼關的戰略意義高度重視，加大了兵力的投入，在一個月的時間內，增派固山額真阿山、馬喇希等人統兵經山西蒲州渡河協助多鐸部攻打潼關，并且，此番進攻潼關，多爾袞還把滿清軍中絕大部分的火炮調往潼關方向。
1646年，二月初。
大順軍劉宗敏率先出戰，戰敗，幾日后，大順軍劉芳亮領兵出戰，又被清軍擊敗，之后，李自成親率馬、步兵正面迎戰多鐸部的八旗大軍，然而，大順軍再次不敵清軍，損失大量步兵。
之后的幾天，李自成連續派兵夜襲清軍營壘，均無功而返，沒有取得任何效果。
二月中旬，多爾袞調來的上百門火炮，抵達多鐸軍營，獲得火炮的增援后，多鐸于第二天指揮大軍，直逼潼關城下。
面對清軍的咄咄逼人，李自成率兵頑強抵抗，采取鑿重壕，立堅壁，加強潼關的防守，只是，面對清軍上百門火炮的連續炮擊，大順軍的這些防御工事，并沒有起到多大的作用。
與此同時，滿清英親王阿濟格部，正率領數萬大軍進入陜北，而大順軍的李過、高一功在延安、榆林等地頑強抵抗，可依然沒能擋住滿清南下的步伐。
阿濟格為了協助多鐸部進攻西安，留下大量明軍降卒繼續在陜北牽制大順軍，他則率領大軍南下，向西安方向推進。
當李自成聽聞阿濟格正率軍向西安推進時，瞬間慌了神，因為，西安作為大順軍的首都，大順軍的文武官員家屬和和財帛糧食等重要物資，可都在西安城內，一旦西安被圍，大順軍危已。
在兩路滿清大軍的逼迫下，李自成決定放棄西安，經過藍田、商洛向河南撤退。
等到李自成率領大順軍主力撤退后，大順軍的潼關守將，巫山伯馬世耀立刻便向滿清投降，至此，多鐸順利率軍奪取潼關。
然而，當天晚上，多鐸的部下，便截獲了一封密信，此信乃馬世耀所寫，信中言：此番馬世耀投降乃是詐降，馬世耀愿意作為內應，請李自成率軍殺個回馬槍，內外夾擊之下，必然能大破潼關的滿清大軍。
多鐸看完信中內容后，勃然大怒，但卻并沒有聲張此事，而是在第二日天明，以打獵為由，在潼關西南十里的金盆口設下埋伏，然后謊稱舉行宴會，把馬世耀麾下的士卒手中的武器全部解除。
隨著多鐸的一聲號令，埋伏的清軍突然沖出，把馬世耀及其麾下的七千余士卒盡數屠殺殆盡。