距離九尾之夜時間雖短，但木葉暗中卻發生了許多微妙的變化。
比如，三代火影猿飛日斬遇刺。
火影就任，必須要得到火之國大名的委任書。三代猿飛日斬，不愧是最了解自己戰友之人。表面前往火之國大名府，實際猿飛一直在等團藏犯錯；稍稍以精銳暗部為餌，便抓住了志村團藏的狐貍尾巴…
團藏自認為自己的“根”已經將三代斬殺在去往大名府的途中，志得意滿坐在火影的寶座上。只可惜，得到了護衛暗部受襲的準確消息之后，三代猿飛日斬徑直地推開了火影辦公室大門：“不好意思，我暫時還不能把這個位置讓給其他人…你好像很詫異我為什么還活著？”
團藏的詫異不僅僅是一瞬間的情感失控而已，反叛罪名一旦成立在任何村子都是重罪，木葉自然也不例外：“哪里？因為我聽說你今早出發去大名府了…”
“幕后主使是誰一查便知，如此一來，那人就會被治死罪，這點毋庸置疑！”三代的話到這里，團藏已冷汗淋漓。好在，三代話鋒一轉：“但是，我的主義不允許我傷害更多人。要是見到他，我想對他說，這件事件一概不予追究。但相對的，希望他以后，能夠為木葉村盡心盡力！”
話已至此，團藏也沒什么可偽裝得了：“你還是堅持和平主義，你的天真總有一天會毀了你自己，日斬！”
三代讓自己的目光落向窗子外面的村子，算是對今天的事兒做一個了結：“可能吧！”
團藏，與三代猿飛日斬比起來，他的政治手段還是太嫩了。離開寶座、即將離開火影辦公室：“從來都是這樣，你是光，我是暗！”言語中，飽含多少自嘲與不甘，只有團藏自己一個人清楚。
這就是三代一直以來推崇的理論：有光的地方必定有暗，無論缺少了哪一方，世界都無法正常運作。于是，便有了“根”這一木葉的暗面；于是，便有了“根”唯一領袖團藏。
再比如，三忍之一自來也秘密回村。
四代波風水門身為傳說中三忍自來也最欣賞的弟子，自來也如何能不回返木葉吊唁。不過，自來也回來，不為這個“風雨飄搖”村子做點什么就離開，顯然是不被三代所答應的。
九尾之夜，實在了傷了三代這個仁厚老者的心。自己幾十年出生入死戰友團藏，選擇袖手旁觀；而自己前些年最得力、也是最有希望繼承火影之位的弟子大蛇丸，其同樣選擇置身事外。
木葉，可以接受一個暗面的“根”，但卻不可以容納與團藏走得太近的大蛇丸。三代猿飛日斬經歷了多少變故、看過了多少人心。團藏、大蛇丸自認為秘密聯系不留任何一點蛛絲馬跡，但是…上一任火影人選，身為木葉元老的團藏提名了大蛇丸：固然，大蛇丸早年有團藏部下的身份；固然，大蛇丸本身就是火影之位的人選…不過，三代太了解團藏了，利益至上、不折手段，此人肯開口便意味著一切！
團藏，已然敲打完畢。那么，接下來就輪到自己親愛的弟子大蛇丸了。三代，他真的不想走到這一步。然而，為了木葉，為了木葉年輕一代的成長，猿飛日斬別無選擇：他必須要拿出身為火影的絕對器量，以雷霆手段掃除內部的巨大潛在威脅。只有如此，猿飛日斬才可以放開手應付敵對忍村的接連試探。
……