這次巡海，成為以后明軍巡海的定例，每春以舟師出海，分路防倭，迄秋乃還。但是后來衛所水師廢弛，戰船殘破，根本無力組織起大規模的海上行動，這種巡海備倭也就逐漸停止了。
這次胡宗憲再次上疏朝廷，要求沿海各省廣造戰船，恢復明初的巡海制度。
在胡宗憲積極謀劃浙江備倭的時候，朱載坖也在思考浙江的御倭，和胡宗憲不同的是，朱載坖考慮的是近在咫尺的倭寇南京事件，現在離嘉靖三十四年只有數月了，嘉靖三十四年六月，這股倭寇就是從紹興府上虞縣爵溪所城登陸，隨后抵達會稽縣高埠，一路從浙江殺奔南直隸的。
朱載坖知道，經歷了兩場大勝之后的嘉靖，若是知道此事，一定會極為震怒，到時候事涉官吏肯定會被他嚴懲，胡宗憲死不死的自有嚴閣老去操心，現在朱載坖關心的是此事到時候不要牽連到戚繼光，那就大事不妙了。
朱載坖雖然想向嘉靖上疏直接陳說此事，但是總不可能直接告訴嘉靖，明年六月，有股倭寇準備到南京去玩吧！朱載坖要是真的這么說了，恐怕會被嘉靖當成瘋子處理。
朱載坖只得上疏指出明軍在備倭上的短板。主要有三個問題，即兵力不足，戰力低下，城池未備。
首先就是兵力不足，作為大明正規軍的衛所官軍，此時已經完全墮落，不堪戰陣。歷次作戰中官軍數量很少，反而大量依靠民壯、鄉兵及商民的力量來抵御倭寇。浙江沿海海防衛所，徽州府、寧國府、太平府的駐防衛所，乃至作為留都南京城所在地的應天府，數額理應相當巨大的衛所官軍，面對倭寇的襲擾，全無作為。
唐順之曾經寫信給朱載坖，敘述了他巡視南直隸衛所的所見：國初沿海建設衛所，聯絡險要。今軍伍空缺，有一衛不滿千余，一所不滿百余者。
一衛本應有五千六百官軍，一所應有一千一百二十人，缺額竟達九成之多。
至于明軍的戰力低下，自不諱言，衛所兵若是有用，東南的督撫也不會請調客兵或者訓練營兵了。
至于城池，朱載坖直接在奏疏中說道：然浙之嘉湖與直之江南諸郡，固澤國也，縣多無城，府雖有城而弛斥不堪御寇，況承平日久，驟加倭警，非惟鄉民奔竄不自保，凡城中居民亦無固志。
同時提出了御倭的三種方式：今日海防之要惟有三策：出海會哨，毋使入港者，得上策；循塘拒守，毋使登岸者，得中策；出水列陣，毋使近城者，得下策；不得已，而至守城，則無策矣。
寫好之后，朱載坖遣滕祥將奏疏送交黃錦，請他代奏。</p>