朱載坖覺得，流放對于他們來說確實是個好辦法，如果說在其他時代，流放并不算是特別嚴重的刑罰的話，在嘉靖朝，流放絕對是非常狠辣的。
典型例子就是楊慎，他因為帶頭組織左順門之變被嘉靖流放云南，嘉靖十七年，楊慎已經被流放十四年，禮科給事中顧存仁上疏，請求赦免楊慎等因議禮被貶謫戍邊的大臣。但是嘉靖極其厭惡他，下令將他廷杖六十下，并貶其為庶民。
因大禮議的緣故，對楊廷和、楊慎父子極其憤恨，常常問及楊慎近況，大臣則回答楊慎“老病”，嘉靖才稍覺寬慰。楊慎聽聞此事，更加放浪形骸。常縱酒自娛，游歷名勝。整個嘉靖朝一共有六次大赦，楊慎最終還是沒能回到家鄉，按大明律年滿六十歲可以贖身返家，但無人敢受理。楊慎就一直得在流放地云南。
朱載坖覺得，將這幫士子們流放到遼東去或許是個不錯的辦法。這樣的話，可以變相打擊朝廷上東南士紳的勢力，削弱東南士紳們在朝堂上的影響力，同時將他們流放到遼東去，也可以增加遼東的漢人，加強朝廷對于遼東的控制。同時這些讀書人的北遷，可以增加北方人考中進士的比例，變相平衡朝局。
朱載坖認為這個提議非常不錯，當然，在其中挑頭鬧事的，朱載坖是肯定要加以顯戮的，否則就無法震懾這些士子。
朱載坖將自己的看法寫成密疏，用急遞直接送抵西苑。
同時，朱載坖開始在南京和整個南直隸查禁會社，這下南直隸的這些士人乖覺的很，不敢再像之前那樣的直接和朝廷對抗了，但是朱載坖很清楚，這樣的雷霆手段，能夠一時管用，但是不能長久見效，要想徹底的禁絕士子們結社，還需要建立一整套的機制來防范打擊這些士子們結社行為。
在這點上，大清是做的比較好的，朱載坖覺得直接借鑒就可以了，大清鑒于大明的士子結社，引起黨爭和社盟之弊，屢頒禁盟法令。順治剛剛入關，就下旨稱：士習不端，結訂社盟，深為可惡，著嚴行禁止。
由于這些會社身處于民間，藏匿于市井，朝廷就算是要想打擊，也很難著手。大清的皇帝采取政治教化和嚴厲打擊相結合的手段，和以密治密的方法對付這些結社。朝廷對于結社組織成員的時候也采取一種對首領以謀大逆罪來懲處，對普通的參加者能去邪歸正者，概與寬免。
同時明確提出黜異端，崇正學，強調倫理綱常等一系列的官方意識。甚至采取措施以理學等正統思想為藍本編訂教材，選派明理善言的儒生在各地方進行宣講，并且采取各種手段鼓勵人民參與其中學習，對忠義之士予以大加褒獎，并將教化百姓當做地方官員升遷時所依據的主要政績。
同時，朝廷派遣欽差，到民間秘密查訪結社，發現一起就處置一起，將查辦結社作為督撫大員主政地方的大事來查處。并且以嚴刑峻法來懲治結社，要求地方長官或加意查訪，密探實跡，或在查處過程中手段嚴酷，實施正犯正法，家屬緣的連坐制度。
這些東西都被朱載坖寫進了密疏之中，由嘉靖決斷。
現在士子們已經被修理了，朱載坖要騰出手來處理佛門了。</p>