商量完了這些士子的事情，嘉靖和嚴嵩自然而然的談到了佛門的問題，朱載坖在奏疏中也談到了對于佛門的處理辦法，和嚴嵩想的一樣，朱載坖也是建議清丈寺院土地，照民田加重收稅，寺院的人丁也要加重征收均徭銀，對于這點，無論是嘉靖、嚴嵩還是朱載坖，看法都是一致的。
而且就是朝中的官員，也不會對此說什么的，事實上朝中的官員們對此事早就有上疏了，朝中官員始終不乏抵觸佛教之人。他們認為佛教作為一個出世的宗教，不僅無益于社會，又廣占田地，坐食其利，損害了朝廷百姓的利益。
為此，不少官員甚至多次上疏，要求抑制佛門，甚至有人把東南的欠糧歸結到寺院里去。
不少官員總結東南的欠糧時，認為東南的欠糧原因是：當寺僧之售田于佃戸，或獻于豪族也，原以寺田，略得微價，及豪強轉售于他姓，則竟作民田，售之獵取高價矣。蓋寺田納倉納條之外尚要納餉，故其價賤，而民田則有條倉而無餉，故其價貴也。于是買得寺田之人，儼然以民田自命，寺僧問之索餉，則出賣為契據，謂此民田也，安得有餉，額之多逋寔在于此。
但是無論是嘉靖還是嚴嵩都很清楚，東南欠糧的問題，原因根本不在寺院而在于豪強。但是寺院的田產確實是應該處理了。
之前胡宗憲和趙文華就聯名上疏，要求朝廷對寺田征稅：寺田子粒之歸本僧者，輕而利倍之。故豪有力者乘僧徒不肖，陰據其產。沿襲欽賜名色，占至數千畝外，自收子粒究之利不在上，亦不在僧，仍為勢豪所侵匿。今邊餉匱乏，民田加賦矣，軍產倍征矣，甚而宗藩世祿，尚且以世?殺，寺田豈宜白占合無？令地方官稽查原額若干畝，照民田起稅征租，以其半歸本寺半充軍餉，則率土作貢永無不毛之弊矣。
當時嘉靖和嚴嵩出于穩定東南局勢的考慮，并沒有立即答應此事，但是現在朱載坖在東南做的頗有成效，而且已經逼佛門低頭了，那嘉靖也不得不有所動作了。
嘉靖對于嚴嵩說道：“惟中，擬旨，清丈全國寺田，照民田起科，所有僧人，都繳納均徭銀。”
嚴嵩趕緊領旨，對嘉靖說道：“陛下一片慈愛，老臣佩服。”
嘉靖此舉，就是替朱載坖分擔火力的，眼下朱載坖在東南同時收拾佛門和士紳，肯定會有人記恨的。嘉靖搶先以上諭的形式向天下昭告對寺院征收賦稅，就是將此事攬到自己身上，減輕朱載坖的負擔。這樣一來，朱載坖在東南打擊佛門，就是就是遵照嘉靖旨意行事，而不是朱載坖打擊了佛門之后，再行請旨。
這樣一樣，就相當于嘉靖為朱載坖在東南的事情背了書，有誰對朱載坖在東南的行為不滿的，大可以找萬壽帝君聊聊，看看陸少保的北鎮撫司是個什么去處。
在這一道詔書后，嚴嵩以內閣首輔的身份，向嘉靖上疏，請求重申太祖祖訓，諸人皆許直言，為生員不許。要求在全國的學校之中重申太祖祖訓，同時嚴令各地長官和學政、巡按等官員，一經發現士子結社，即行捕拿，革去功名，照律令治罪。
嘉靖當天就批準了嚴嵩的奏疏，同時明發天下。朝廷的官員們很清楚嘉靖和嚴嵩這一對君臣，他們演這一出雙簧，其實就是為了給遠在東南的朱載坖撐腰，這兩道的上諭的意思很明確，裕王在東南的行為，都是嘉靖的意志，也都是嘉靖允許了的，誰要是敢對此發表不滿，那就是挑戰嘉靖的權威。
這么多年以來，挑戰嘉靖權威的人，下場是什么樣的，大家其實都看在眼里。