嘉靖處理完了此事，隨即開始處理政務起來。
閣臣們回到內閣值房，徐階對嚴嵩說道：“首揆，自殿下南下之后，陛下似乎對于政務勤勉了許多。”
嚴嵩點點頭說道：“子升說的是，現在陛下確實比之前勤勉多了。”
這點不光是徐階，連嚴嵩也有所察覺，之前嘉靖對于政務比較懈怠，經常就是下部議或者直接交給內閣處理。但是現在朱載坖去了東南之后，嘉靖對于政務明顯上心了不少，尤其是對于東南的消息，嘉靖都是第一時間親自處理，倒是頗有當年剛剛繼位時的明君之象。
兩位閣老只是相視一笑，就繼續去埋頭處理政務了。
于此同時，無逸殿內，嘉靖正在細細閱讀朱載坖的奏疏，朱載坖的奏疏中事無巨細的將自己到了東南以來的所作所為向嘉靖匯報，同時談了自己的看法。
嘉靖也在仔細思考朱載坖所提出來的建議，對于和王直的交易要放到天津來，嘉靖認為是正確的，王直畢竟是大明朝廷命令通緝的倭寇頭目，一旦這件事情被外間得知，就極為不好收拾了。
但是對于水師，嘉靖一時還有些拿不定主意，利用水師海運漕糧和貨物，當然是可以的。但是嘉靖深知，漕運牽涉頗大，輕易是動不得的。
而且水師耗費不菲，維持一支龐大的水師，那是要花費巨資的，可比自己修玄要燒錢的多了，嘉靖要是有錢，恨不得自己先拿來修玄才好，水師不僅是造船耗資巨大，而且每年要撥付巨款加以維護，眼下朝廷財政本就不寬裕，再拿出這么多錢來投資水師，對于朝廷財政來說是一個沉重的負擔。
至于海運的便利，熟知歷史的嘉靖怎么會不知道？前元定都大都，轉運漕糧都是依賴海運，開辟自劉家港經萬里長灘、青水洋、黑水洋至成山，達界河口的海道，其道差為徑直。后來，千戶殷明略又開辟從劉家港入海至崇明州三沙向東行入黑水大洋的海道，取成山轉至劉家島入界河，當舟行風信，有時至浙西至京師不過旬日而已，這條海路最為便捷。
甚至在朱載坖之前，早就有人提出過漕糧海運的建議，并且詳細計算了海運和漕運的運費，海運遠較河運節省時間，更為重要的，這種方法更大量地節省了財力、民力。同樣以每年運送漕糧400萬石計，海運的全部支出僅有160萬石米，僅相當于河運的五分之一。
嘉靖十九年，南京中軍都督萬表建議：海運固然極險，但浙中海船，向來以遠航到海外貿易。松江、太倉、通州、泰州等地有沙船，淮安有海雕船，通常由海路至山東蓬萊貿易，這里離天津并不遠，可以把松江、太倉的近海漕糧，出資雇海船運輸，以三四萬石做試驗，熟悉海道，以備不時之需。
但是由于倭寇逐漸猖獗，漕運改海的事情遂被擱置了下來。
嘉靖深知，漕運干系重大，不是輕易能夠改變的，所以對于朱載坖提出的幾個建議，嘉靖同意了興建水師，增造船只，朱載坖從佛門手中獲取的五十萬兩，嘉靖只讓他交內承運庫二十萬兩，剩余的就充作造船的費用。
而對于漕運改海的要求，嘉靖沒有同意，在天津交割貨物的請求被嘉靖同意了，造重載沙船的數量也被嘉靖打了個對折。嘉靖批閱完朱載坖的密疏后，將朱載坖的密疏發回。