現在在大明，對于俺答的入寇似乎已經是屬于一個非常習慣的狀態了。對于怎么應對俺答，也無非就是修建邊墻，增加士卒守衛，似乎也就只有這兩個辦法了。
朱載坖認為，修建邊墻當然是現在需要的，畢竟官軍騎兵還是遠遠不如俺答的，不修筑邊墻，確實無法阻擋俺答，而且修筑邊墻也是節約官軍兵力的一個重要手段，依靠邊墻，大明可以盡可能節約在一線的兵力。
但是朱載坖認為大明現在修筑邊墻的方式不對，大明現在修筑邊墻，往往是哪里被俺答破口了之后，就在哪里重點修整邊墻，這種修整當然是有用的，但是未免過于滯后了，如庚戌之變俺答從喜峰口破口，薊鎮就一直在加強薊鎮西協四路的邊墻，尤其是喜峰口為主的邊墻。
而潘家口的邊墻早就破敗，但是朝廷并沒有加以修葺，直到這次俺答破口之后，朝廷才撥出巨款，重點加強潘家口的邊墻。這些修筑邊墻的方式，完全是頭疼醫頭腳疼醫腳的辦法。
而且提議修整邊墻的，往往是巡按御史，這些人本就不通軍務，所上疏要求修葺邊墻的地方往往并非兵家要地，所以朱載坖認為，應該以督撫總兵，勘察所轄全境的邊墻之后，統籌規劃，制定修筑邊墻的統一計劃，而御史則是負責督修工程和驗收，現在的這個制度，其實是反過來了，御史上疏請求修葺，而修建邊墻的反而是督撫總兵。
這是朱載坖提出的一個問題。
而朱載坖還認為，大明現在九邊兵制也有問題，大明一向奉行所謂大小相制，內外相維的辦法，以薊鎮為例，薊鎮設有總兵一員駐鎮城三屯營；協守副總兵三員（分駐建昌營、三屯營、石匣營）；薊鎮全線分為十二路，分守參將分駐路城；其中山海路、石門路、臺頭路和燕河路歸東路協守管轄，太平路、喜峰口路、松棚路和馬蘭路歸中路協守管轄，墻子路、曹家路、古北口路和石塘路歸西路協守管轄；各路下設游擊將軍、坐營官、提調或守備管轄本關或數關堡。
看起來形成了一個非常嚴密的指揮體系，但是其實不然，朝廷僅賦予總兵節制，而非統屬部將之權力。相對于統屬關系，節制關系較為松散。協守副將和總兵雖然是上下級關系，但是總兵指揮副將和參將，往往都是依靠個人魅力來指揮這些副將、參將。
即便是現在，武將系統中不鳥總兵的也大有人在，僅僅舉個例子，神樞營副將署都督僉事孫國臣為署都指揮僉事，充分守延綏東路右參將。時新定營，制改總督為總兵，諸將以其權輕，多不受約束者。國臣尤驕倨，初入營，直馳總兵中路，與抗禮。
孫國臣一個分守參將，就不把總兵當回事。原因也很簡單，總兵雖與部將明顯有地位高低之分，但并無權力截然高下之別。比如，副總兵雖處總兵之下，但協守副總兵卻并不受總兵節制，而是獨立鎮守地位較總兵駐地稍遜之地區。不僅如此，即使受到總兵節制之分守副總兵以下武將，亦在軍事決策上，具有與總兵共同謀議之權。所以一些性格比較倨傲的武官不服總兵節制也是正常的事情。
而且即便是總兵能夠擺平自己麾下的副將、參將們，還要面對各級文官的監督，這種情況，連楊博也曾經說過：今一總兵而不與之賞罰之權，監之以巡撫、巡按、守巡、郎中，一有勝負，則府通判、經歷皆得監制之。
這樣話，總兵根本無法有效行使指揮權，怎么能夠領兵御敵。所以朱載坖認為，要想對抗俺答，首先就要從這兩點做起，重將權是現在的當務之急。
邊關的督撫大員們還好，尤其是這些御史們，他們往往不通軍務，胡亂指揮，一旦戰敗，又將責任完全推給武將們，這樣一來，九邊官軍能夠打勝仗才是怪事了。
所以朱載坖具本嘉靖，認為應該改革目前的九邊指揮體系，在現有的情況之下，總督節制巡撫和三司，在軍政上有決策、指揮的權力，還有一定的監督、司法權。巡撫亦屬文官，地位雖低于總督，同樣是執行和監察地方軍政大事的特遣官吏。在監察方面，還有都察院系統的巡按御史和六科給事中。
對于地方的控制已經是極其嚴密了，而總兵又不得專其職守，重其將權，如何能夠臨敵制勝？所以朱載坖還是認為應當重將權。
朱載坖在奏疏中指出：以將用兵，而以文臣招練。以將臨陣，而以文官指發。以武略備邊，而日增文官于幕。以邊任經一撫，而日問戰于朝，此極弊也！自古命將出師，最忌中制，若往復奏請，必致坐失機宜。將權不重，至于副參游守賢否去留，主將無權舉劾之柄，成功失事，主將無誅賞之權，權輕令沮，何以臨敵致勝？至于一鎮之中，又分爾我，副總、參游防秋之際，各承調遣分守地方。但幸本境無事，不肯互相應援，按兵觀望，直視其死。是以氣勢愈分，兵力愈弱，覆敗相仍，良由此耳！
同時朱載坖也在奏疏中陳述自己對于九邊邊墻的看法，由于朱載坖這次并非是密疏，而是直接通過通政司向嘉靖陳奏此事的，很快就經由六科傳播開來了，科道當即不干了，他們認為武將都是不可信任的，只有他們這些科道言官才是朝廷的骨鯁之臣，才是大明忠良，朱載坖作為儲君，不信任他們，反而去信任這些武將們，思想大大的有問題。
言官于是瘋狂上疏，不僅是朱載坖被彈劾了，連講官們也被彈劾了，言官認為講官沒有盡到教導朱載坖的責任，應當換人，同時內閣作為有責任教育朱載坖的，一樣也難辭其咎，連徐階都被言官們給彈劾了，搞得徐閣老狼狽不堪。</p>