徐階當然也是明白了嘉靖的意思，在與楊博等人商量之后，召回了部分御史，同時規定了巡按御史的職責，加強了兵備道的權力，同時規定，有關邊墻的修葺等問題，必須由督撫會同總兵、副將、參將等實地勘察之后，報請兵部批準之后再施行，御史僅僅只是監督修葺的過程。
徐階還下令由左都御史周延和右都御史葛守禮負責整頓都察院，吏部尚書王用賓和內閣一道整頓科道，將一批無事生非，專門以彈劾生事的科道言官加以裁汰。
而同時，薊遼總督唐順之正式向朝廷舉薦河間知府海瑞為順天巡撫。此事在科道再次引起波瀾，大部分的科道官員都不同意海瑞出任順天巡撫，因為本質上來說，巡撫乃是都察院的外差，海瑞擔任巡撫，照例應當加授都察院右僉都御史一職，也就是成為都察院的高級御史。
但是很多言官們認為，科道選用只有二途。首先是庶吉士改授。其次是考選，參加考選的京官必須是進士出身的主事、中書舍人、行人、評事、博士等，地方則推官、知縣。地方推、知入科道，稱行取。但是不管怎么說，都必須是進士出身的官員，哪怕是三甲進士呢？
海瑞不過一介舉人，就想擔任右僉都御史這一職務，實在是有違國朝體例。
這點連徐階也表現的十分為難，一方面是科道對此反應強烈，一方面徐階深知，海瑞是朱載坖一手提拔上來的，這次唐順之的舉薦，背后也是朱載坖，若是徐階阻攔此事，就必然得罪于朱載坖，徐階又不是傻子，怎么可能干這種事情。
徐階于是將唐順之的薦章發吏部，要求王用賓給內閣明白回話，這已經是徐閣老能放水的極限了，讓裕王黨來審查裕王黨的薦章，徐階的意思已經很明確了。
果不其然，王用賓很快上疏內閣，認為海瑞考績優良，理當拔擢。甚至王天官還貼心的幫徐閣老找好了理由，王用賓在給內閣的回文中稱，王天官查考本朝科道官的選任，科道官選任雖很嚴格，但不拘出身、資格，進士、舉貢、監生皆得補選，知縣、學官亦可遷升。海瑞考績優良、清廉自守，絕對能夠擔此重任。
而且王用賓還將嘉靖在嘉靖七年所提出的三途并用的用人之策重新拿出來說了，為吏部和內閣找到了依據，徐階也據此上奏嘉靖，請求任命海瑞為都察院右僉都御史派巡撫順天。
但是雖然嘉靖御批準允了，但是徐階還是低估了科道搞事情的能力，吏科都給事中郭汝霖行使了自己的執奏封駁大權，拒不簽署吏部給海瑞授官的奏疏，這下直接把事情搞大了，因為吏科執掌吏部引選之諸旨，外官領文憑之畫字，他不簽字，海瑞連官憑都領不到。
同時郭汝霖還上奏嘉靖，認為官員仕途流轉，應當重視資格出身，科道清貴之所在，應當更加重視選人，海瑞一介舉人，怎么能夠擔任右僉都御史這樣的要職，并且派巡撫順天，京畿之地，擇人要更加謹慎，同時他還參劾吏部尚書王用賓，選人失當。
王用賓也不甘示弱，隨即上疏加以駁斥，王用賓拿出的嘉靖六年的詔書，嘉靖在這份詔書中明確要求：著吏部、都察院查照祖宗朝有行舊例，將兩京主事、寺副、評事等官，訪有素行端謹、器識老成者與行人、博士、推官、知縣等官一體考選除用；其推官、知縣不必拘定進士出身；舉人教官出身，有學行政跡者，亦量為甄拔。
王用賓是按照嘉靖的詔書執行，有什么錯誤，吏科分明是無事生非。同時王用賓還拿出了嘉靖十四年嘉靖的御批，當時嘉靖針對御史選用，有過明確的指示，嘉靖說道：“御史考選數多，在外推官、知縣有撫、按考語可據，依擬選用。在京主事等官，須同各本堂官評議堪否，疏名改授。”
而選用海瑞為右僉都御史巡撫順天，正是依據薊遼總督唐順之的薦章，吏部在查閱了海瑞的考績之后作出的決定，不得不說，王用賓做事情還是極為穩妥的，一下子把吏科駁斥的無話可說，畢竟三途并用是嘉靖的旨意，總不能公開違背嘉靖的旨意吧？
雖然大家都很清楚科道不愿任命海瑞的原因，但是這個原因是不能拿出來說的。徐階再次拿出首輔之尊，要求科道撤回封駁，執行吏部和內閣的命令，在徐階的壓力下，吏科不得已還是簽發了任命海瑞為右僉都御史巡撫順天的文書。
徐階不禁無奈，這個首輔，一天干的是些什么事情！正當徐階以為此事已經告一段落的時候，沒想到海瑞拒不奉詔，不僅不奉詔，還要辭職，海瑞上疏自劾，請求朝廷將自己罷官。
結果徐階一看，這哪里是什么自劾的奏疏，分明是痛罵的奏疏。海瑞在奏疏稱自己才德淺薄，不勝此職。為什么不能勝任呢？因為自己只是舉人出身，哪里比得上這些進士出身的官員呢？
海瑞直言不諱的說道：夫薦舉之數，多重甲科，輕貢舉。夫甲科外補，固多砥礪名節，志期遠大，然貪肆不檢者，亦往往有之，率以小過而見宥。將現在選官用人的怪異現象揭露無疑，其實這也是大明的基操了，進士出身的官員們，有同科幫襯，坐師提拔，自然是官運亨通，即便是有過錯，也有人為了開脫包庇，而舉人們則往往是背鍋俠。
海瑞還在奏疏中稱：薦舉糾劾，所以勸儆有司也。今薦則先進士而舉監，非有憑藉者不與焉。劾則先舉監而進士，縱有訾議者罕及焉。晉接差委，專計出身之途。于是同一官也，不敢接席而坐，比肩而行。諸人自分低昂，吏民觀瞻頓異。助成驕縱之風，大喪賢豪之氣。臣以末途，敢居清貴？是故不敢以卑身及貴官也！
徐階看了之后，血壓都快爆表了，這哪里是什么自劾奏疏，分明是罵娘的奏疏！</p>