雖然高耀上位的方式有些不光彩，但是高耀的能力還是不錯的，高耀剛剛上任，就詳細計算統計了九邊的京運年例，并且條陳上疏。
按照高耀的統計，各邊應發年例軍餉銀：大同四十四萬七千兩、宣府二十四萬兩、山西十四萬兩、延綏二十七萬五千兩、易州五萬三千兩、薊州三十七萬四千兩、密云十四萬五千兩、昌平六萬五千兩。
同時為了節省年例銀的發放，對于離京師很近的薊鎮等處，高耀建議運京倉米二萬石赴密云、二萬石赴昌平、通倉米四萬石赴薊州抵年例，嘉靖對于高耀的建議都加以采納。
高耀上任之后，確實是比之馬坤要強多了，高耀上任之后，就要求各處追解其所逋欠之提編均徭銀。同時要求科道和戶部一道核算東南抗倭的軍費，將結余的軍餉，解運到部，以供朝廷支用。
同時高耀還要求清理京營的軍籍，在兵部尚書楊博的支持下，清理京營占役三萬七千余人，將提督營建戎政的好幾位勛臣都拉下馬來了。朱載坖也在關心這些事情，但是朱載坖沒有關心這個事情，而是關心兵部和戶部的扯皮去了。
之前兵部尚書楊博上疏嘉靖，兵部議命歲發帑銀三萬兩充薊鎮撫賞屬夷之用。嘉靖也御批同意了，但是到了戶部這里，高耀壓根就不買賬，高耀表示糧缺乏議止發銀六千。
這少的也太多了，楊博當然不干了，結果還沒等楊博上疏扯皮了，高耀就為此上疏了，高耀向嘉靖上疏稱：諸夷索賞數多，各關提調費無所出。乃私借募軍銀及克減月糧給之，此猶剜肉醫瘡，勢必糜爛，祈請嚴禁之。
對于高耀的上疏，朱載坖倒是覺得很不錯，上次歐陽安之所以兵敗，導致薊鎮破口，就是因為關外的這些所謂的順夷余俺答勾結，欺騙官軍，以致大敗，朱載坖認為拿銀子給這個蠻夷，還不如給官軍士卒們呢，賞賜，賞賜他們些鉛子箭矢還差不多。
上次薊鎮破口之仇尚未得報，現在還敢向大明請賞，是可忍孰不可忍？
朱載坖隨即上疏，支持高耀，朱載坖認為朝廷的有用之銀，何必做此無用之事。蠻夷狡詐，豈是區區銀錢可以收買的，何況之前歐陽安就是因為誤信蠻夷，以致大敗，大明必須要對這些人加以懲戒才行。
朱載坖的奏疏這次出人意料的得到了科道的支持，科道也認為與其如大筆賞賜這些蠻夷，不如用于選將練兵，振作軍事。
嘉靖也采納了朱載坖的意見，將這筆銀子給了薊鎮總兵李成梁，要求他選練精騎，以拱衛京師。
嘉靖四十年就這樣算是有驚無險的過去了，但是嘉靖在嘉靖四十一年年初的時候病了一場，雖然只是數日臥病，但是引起的朝堂震動可不小。
誰都沒想到，嘉靖這個年號能夠用四十年，這還是大明從沒有過的事情。而嘉靖的這次臥病，也使得朝野的擔心更加嚴重了，嘉靖已經五十六歲了，這在現在可是高壽了，好幾代大明皇帝可都沒活到這個歲數，但是國本虛懸，怎么能不令朝臣們極為擔憂。
而且這次嘉靖大病痊愈之后，更加怠于政務，除了日常的奏疏批答，很少召見臣子了，首輔徐階多次請求召對都被嘉靖以圣躬違和為由加以拒絕了。
這下使得朝廷更加不安，最后在閣臣的再三請求之下，嘉靖在遷居會新建的萬壽宮之后，召見了閣臣，為了以防不測，徐階甚至叫上了英國公張溶、成國公朱希忠和定國公徐延德三位勛臣，有他們在，勛衛和錦衣衛就會聽從命令，以防內閣臣僚們進入西苑被控制。
嘉靖在萬壽宮召見了徐階等人，雖然嘉靖的身體已經痊愈了，但是經此一病，嘉靖的精氣神也大不如前，見徐階把三位國公都叫來了，嘉靖笑著說道：“徐閣老還是忒小心了一些。”